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xiezhancnu木蟲(chóng) (小有名氣)
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vcf格式疑問(wèn)，想請(qǐng)教大神! 已有1人參與
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各位好： 請(qǐng)問(wèn)一下 vcf格式中 QUAL這一列 我查了一下是這樣的： QUAL：Phred格式(Phred_scaled)的質(zhì)量值，表示在該位點(diǎn)存在variant的可能性；該值越高，則variant的可能性越大；計(jì)算方法：Phred值 = -10 * log (1-p) p為variant存在的概率; 通過(guò)計(jì)算公式可以看出值為10的表示錯(cuò)誤概率為0.1，該位點(diǎn)為variant的概率為90%。 我想問(wèn)一下 這里p是怎么算出來(lái)的？ 我一直對(duì)這個(gè)vcf文件中QUAL是怎么來(lái)的不太明白 想請(qǐng)教 金幣不是問(wèn)題，解釋清楚了，要多少給多少，呵呵~~ |
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wizardfan
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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先看文獻(xiàn)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9521921 然后我的理解和你稍微不同，phred不是測(cè)variant，是測(cè)測(cè)序序列的準(zhǔn)確性的。 像你說(shuō)的phred=10，就是在那個(gè)位點(diǎn)得到的堿基有90%的可能性是準(zhǔn)確的 這個(gè)P的計(jì)算有點(diǎn)像machine learning，phred程序中保存了大量的數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)來(lái)源于測(cè)已知序列，記錄了測(cè)序波形和精度與正確堿基判斷之間的關(guān)系。然后通過(guò)對(duì)當(dāng)前波形和精度的判斷，在已知數(shù)據(jù)中找匹配值，而得到P。 |
2樓2014-02-11 08:03:04
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