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xiezhancnu木蟲 (小有名氣)
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[求助]
vcf格式疑問，想請教大神! 已有1人參與
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各位好： 請問一下 vcf格式中 QUAL這一列 我查了一下是這樣的： QUAL：Phred格式(Phred_scaled)的質(zhì)量值，表示在該位點存在variant的可能性；該值越高，則variant的可能性越大；計算方法：Phred值 = -10 * log (1-p) p為variant存在的概率; 通過計算公式可以看出值為10的表示錯誤概率為0.1，該位點為variant的概率為90%。 我想問一下 這里p是怎么算出來的？ 我一直對這個vcf文件中QUAL是怎么來的不太明白 想請教 金幣不是問題，解釋清楚了，要多少給多少，呵呵~~ |
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wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
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xiezhancnu: 金幣+10 2014-02-20 16:54:21
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先看文獻http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9521921 然后我的理解和你稍微不同，phred不是測variant，是測測序序列的準(zhǔn)確性的。 像你說的phred=10，就是在那個位點得到的堿基有90%的可能性是準(zhǔn)確的 這個P的計算有點像machine learning，phred程序中保存了大量的數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)來源于測已知序列，記錄了測序波形和精度與正確堿基判斷之間的關(guān)系。然后通過對當(dāng)前波形和精度的判斷，在已知數(shù)據(jù)中找匹配值，而得到P。 |
2樓2014-02-11 08:03:04
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