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shui_zhi_dao銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
3d qsar pharmacophore generation處理的sd文件到底啥格式�。� 已有1人參與
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| 本人正在學(xué)習(xí)ds2.5,按照網(wǎng)上的中文教程做“3d qsar pharmacophore generation”，需要打開(kāi)3dqsar.sd，但我的ds2.5里偏偏沒(méi)有這個(gè)文件，當(dāng)然其他的ds文件是有的，但沒(méi)有教程里說(shuō)的什么activ，確定性等屬性，運(yùn)行下來(lái)，不是說(shuō)根本找不到藥效團(tuán)，就是說(shuō)沒(méi)有活性分子，我加上activ和確定性屬性也不行，也是顯示沒(méi)有活性分子。各位仁兄能否指點(diǎn)一二，或者您的ds里有3dqsar.ds或者其他可以運(yùn)行的ds文件給我發(fā)過(guò)來(lái)，給個(gè)完整的截圖也行，我好模仿著做一下，哎，自學(xué)不容易啊，希望大家能幫助則個(gè)。我不知道站內(nèi)是否可以私下發(fā)送文件，如果不行的，可以發(fā)我郵箱，xinxiguanliyu@163.com，不勝感激！ |
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2樓2014-02-11 11:09:42
shui_zhi_dao
銅蟲 (小有名氣)
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流! 2014-02-12 09:16:43
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我不是找不到sd文件，在ds2.5的sampls里面也有不少sd文件的，只是做不出教程里的結(jié)果，教程里說(shuō)的很清楚，“配體分子準(zhǔn)備:在文件瀏覽器中，找到并雙擊打開(kāi) 3dqsar.sd。在表格瀏覽器中可以看到一共有 20 行，代表了 20 個(gè)分子，這些分子的名字(name)、活性(Activ，可以為 IC50 或 Ki 值)和活性不確定度(Uncert)都已事先輸入。”然后進(jìn)行構(gòu)象構(gòu)建，尋找藥效團(tuán)，結(jié)果就出來(lái)了。只是ds自帶的sd文件格式各異，我試了幾個(gè)，都不成功，個(gè)人估計(jì)是沒(méi)有上面說(shuō)的activ和uncert的緣故，但自行加上也不管用。你說(shuō)的pubchem數(shù)據(jù)庫(kù)我下載了一個(gè)sd文件，打開(kāi)發(fā)現(xiàn)格式更加不同，試著運(yùn)行了一下，也是不成功。 |
3樓2014-02-11 12:51:50
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