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shui_zhi_dao銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
3d qsar pharmacophore generation處理的sd文件到底啥格式��？ 已有1人參與
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| 本人正在學習ds2.5,按照網(wǎng)上的中文教程做“3d qsar pharmacophore generation”，需要打開3dqsar.sd，但我的ds2.5里偏偏沒有這個文件，當然其他的ds文件是有的，但沒有教程里說的什么activ，確定性等屬性，運行下來，不是說根本找不到藥效團，就是說沒有活性分子，我加上activ和確定性屬性也不行，也是顯示沒有活性分子。各位仁兄能否指點一二，或者您的ds里有3dqsar.ds或者其他可以運行的ds文件給我發(fā)過來，給個完整的截圖也行，我好模仿著做一下，哎，自學不容易啊，希望大家能幫助則個。我不知道站內是否可以私下發(fā)送文件，如果不行的，可以發(fā)我郵箱，xinxiguanliyu@163.com，不勝感激！ |
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shui_zhi_dao
銅蟲 (小有名氣)
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月只藍: 金幣+1, 鼓勵交流! 2014-02-12 09:16:43
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我不是找不到sd文件，在ds2.5的sampls里面也有不少sd文件的，只是做不出教程里的結果，教程里說的很清楚，“配體分子準備:在文件瀏覽器中，找到并雙擊打開 3dqsar.sd。在表格瀏覽器中可以看到一共有 20 行，代表了 20 個分子，這些分子的名字(name)、活性(Activ，可以為 IC50 或 Ki 值)和活性不確定度(Uncert)都已事先輸入�！比缓筮M行構象構建，尋找藥效團，結果就出來了。只是ds自帶的sd文件格式各異，我試了幾個，都不成功，個人估計是沒有上面說的activ和uncert的緣故，但自行加上也不管用。你說的pubchem數(shù)據(jù)庫我下載了一個sd文件，打開發(fā)現(xiàn)格式更加不同，試著運行了一下，也是不成功。 |
3樓2014-02-11 12:51:50
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2樓2014-02-11 11:09:42
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