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anyachan木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
怎樣把膜的pdb文件轉(zhuǎn)換成gro文件？ 已有3人參與
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網(wǎng)上下載的膜為pdb格式的，我是用gromacs做后面的模擬要轉(zhuǎn)換成gro格式的文件，用pdb2gmx轉(zhuǎn)換時(shí)出現(xiàn)錯(cuò)誤 Fatal error: Residue 'DPP' not found in residue topology database 請(qǐng)問(wèn)如何解決？我用的是dppc的膜，謝謝！ |
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 gromacs |
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anyachan
木蟲(chóng) (小有名氣)
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- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
7樓2014-02-13 11:37:11
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
anyachan: 金幣+4, ★★★很有幫助 2014-02-13 11:38:48
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-13 13:26:53
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
anyachan: 金幣+4, ★★★很有幫助 2014-02-13 11:38:48
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-13 13:26:53
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試試這個(gè)： http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb/ |
2樓2014-02-12 17:19:57
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
anyachan: 金幣+2, ★有幫助 2014-02-13 11:39:00
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-13 13:27:02
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
anyachan: 金幣+2, ★有幫助 2014-02-13 11:39:00
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-13 13:27:02
| 你這個(gè)問(wèn)題太正常了，問(wèn)題就出在你的立場(chǎng)文件里，你膜結(jié)構(gòu)pdb文件里的分子參數(shù)在立場(chǎng)文件里是不存在的，所以用pdb2gmx生成不了拓?fù)湮募?br /> 解決的辦法：你可以去以前有做過(guò)這個(gè)結(jié)構(gòu)的人那里要力場(chǎng)參數(shù)來(lái)，也可以自己模仿著寫(xiě)，就要看你自己的水平了這個(gè) |
3樓2014-02-12 17:32:40
fangsteel
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 96 (初中生)
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- 專業(yè): 原子和分子物理
4樓2014-02-12 17:50:41
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