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游子8921鐵桿木蟲 (知名作家)
游子8921
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[求助]
請問Equilibrium isotope effects如何計算？ 已有1人參與
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向各位高手求助，文章審稿人讓我計算Equilibrium isotope effects，但在高斯手冊查到只是籠統(tǒng)的readisotopes，在小木蟲里搜到了kinetic isotope effect (KIE)的帖子，但是兩者的計算公式不一樣。也有用readisotopes計算同位素效應(yīng)的帖子，可是每個回復(fù)者的答案有差別，也不確定是不是適應(yīng)于Equilibrium isotope effects。 請問Equilibrium isotope effects該如何計算？用高斯可以計算嗎？謝謝 kinetic isotope effect (KIE) Equilibrium isotope effects |
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gdzhzeh
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請問如何從高斯的out文件取數(shù)值來計算圖片中的公式的I，附件中有我們所有的OUT文件 w291h685694_1392605283_393.png |
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2014-05-10 19:11:40, 85.26 K
10樓2014-05-10 19:12:36
agent99
禁蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+4 2014-02-19 09:39:07
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+4 2014-02-19 09:39:07
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其實KIE和EIE可以用同樣的方法計算，區(qū)別就是計算反應(yīng)物-過渡態(tài)還是反應(yīng)物-產(chǎn)物過程的isotope effect。具體公的講述Cramer的書里應(yīng)該有，基本思想就是轉(zhuǎn)動和振動（主要是后者）配分函數(shù)的mass-dependency導(dǎo)致了反應(yīng)速率常數(shù)或平衡常數(shù)會被同位素取代所改變（前者為KIE，后者則是EIE了）。你的兩張圖上列出了兩種不同的方法，第一個公式大概是直接把配分函數(shù)的表達式代入Eyring方程得到的，第二個像是Bigeleisen-Mayer方程（原始文獻是Bigeleisen的一篇JCP，大概是1948-49年，記不清了...）。具體到計算上，可以有如下兩種方法： 1.對反應(yīng)物和產(chǎn)物結(jié)構(gòu)作同位素取代（readisotope）后作振動分析，得到各個配分函數(shù)的值，然后和未同位素取代的反應(yīng)物和產(chǎn)物的配分函數(shù)一起代入公式1（把過渡態(tài)#換成產(chǎn)物就行）�；蛘�，更直接地，看公式1左邊，可以直接把同位素取代和未取代的兩個反應(yīng)的K直接算出來（K = exp(-dG/RT))然后比一下，是等價的。 2.做同樣的計算，不過不取用配分函數(shù)而取頻率值，代入2.（2里的u就是頻率，注意高斯輸出的是波數(shù)，需要轉(zhuǎn)換一下）。 兩種方法都可以自己寫個簡單的腳本實現(xiàn)的。 |
2樓2014-02-19 08:37:46
游子8921
鐵桿木蟲 (知名作家)
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3樓2014-02-19 23:37:27
agent99
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4樓2014-02-20 04:19:21
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