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vip_zzc

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[交流] AMBER力場(chǎng) improper 參數(shù) 在NAMD中不能被讀入（0 IMPROPER）

我用amber力場(chǎng)（ff12SB, ff99SB兩個(gè)都試過(guò)了）在NAMD中跑MD，在NAMD輸出log文件中，顯示 0 IMPROPER，如下：

PARM file in AMBER 7 format
Warning: Skipping ATOMIC_NUMBER in parm file while seeking MASS.
Warning: Encounter 10-12 H-bond term
Warning: Found 87876 H-H bonds.
Info: LONG-RANGE LJ: APPLYING ANALYTICAL CORRECTIONS TO ENERGY AND PRESSURE
Info: LONG-RANGE LJ: AVERAGE A AND B COEFFICIENTS -1.95755e+07 AND -18374.1
Info: SUMMARY OF PARAMETERS:
Info: 104 BONDS
Info: 219 ANGLES
Info: 139 DIHEDRAL
Info: 0 IMPROPER
Info: 0 CROSSTERM
Info: 0 VDW
Info: 325 VDW_PAIRS
Info: 0 NBTHOLE_PAIRS
Info: READING EXTRA BONDS FILE restraints/step6.1_equilibration.dihe
Info: READ 524 EXTRA DIHEDRALS
Info: READ 524 EXTRA IMPROPERS
Info: TIME FOR READING PDB FILE: 9.53674e-07
Info:
Info: ****************************
Info: STRUCTURE SUMMARY:
Info: 381982 ATOMS
Info: 381366 BONDS
Info: 221289 ANGLES
Info: 455628 DIHEDRALS
Info: 0 IMPROPERS
Info: 0 CROSSTERMS
Info: 914447 EXCLUSIONS
Info: 330613 RIGID BONDS
Info: 815333 DEGREES OF FREEDOM
Info: 139245 HYDROGEN GROUPS
Info: 4 ATOMS IN LARGEST HYDROGEN GROUP
Info: 139245 MIGRATION GROUPS
Info: 4 ATOMS IN LARGEST MIGRATION GROUP
Info: TOTAL MASS = 2.33708e+06 amu
Info: TOTAL CHARGE = -0.00574125 e
Info: MASS DENSITY = 0.994389 g/cm^3
Info: ATOM DENSITY = 0.0978737 atoms/A^3
Info: *****************************

如上所示，在parameter summary 和 structure summary中，IMPROPER 一項(xiàng)為 0 �。�
我試過(guò)兩個(gè)力場(chǎng)ff99SB，ff12SB，及 AmberTool1.2、 AmberTool15兩個(gè)版本，用來(lái)生成.prmtop （leap 顯示存在 IMPROPER）
結(jié)果NAMD讀出的IMPROPER都是0 ，雖然NAMD可以正常運(yùn)行！

經(jīng)測(cè)試，發(fā)現(xiàn)：若用CHARMM力場(chǎng)在NAMD跑，確實(shí)給出了相應(yīng)的IMPROPER數(shù)
請(qǐng)問(wèn) 有沒(méi)有人注意到這個(gè)奇葩的現(xiàn)象呢？

1. 難道NAMD讀AMBER力場(chǎng)時(shí)已將IMPROPER納入到DIHEDRAL了？
2. 還是壓根就是程序本身的bug，果真如此，NAMD跑出的結(jié)果就是不對(duì)了？

求解求解～

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1樓 2014-02-18 15:46:13

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vip_zzc

版主

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★
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-19 11:01:55

引用回帖:

4樓: Originally posted by vip_zzc at 2014-02-18 20:31:52
這個(gè)之前就看過(guò)了，主要說(shuō)明是用AMBER力場(chǎng)時(shí)，在NAMD配置文件應(yīng)該如何對(duì)相應(yīng)選項(xiàng)進(jìn)行設(shè)置的問(wèn)題。
但并未提到我所描述的問(wèn)題。。
不過(guò)，仍然感謝你的回復(fù)~~

...

grep FLAG .prmtop 后
%FLAG TITLE
%FLAG POINTERS
%FLAG ATOM_NAME
%FLAG CHARGE
%FLAG ATOMIC_NUMBER
%FLAG MASS
%FLAG ATOM_TYPE_INDEX
%FLAG NUMBER_EXCLUDED_ATOMS
%FLAG NONBONDED_PARM_INDEX
%FLAG RESIDUE_LABEL
%FLAG RESIDUE_POINTER
%FLAG BOND_FORCE_CONSTANT
%FLAG BOND_EQUIL_VALUE
%FLAG ANGLE_FORCE_CONSTANT
%FLAG ANGLE_EQUIL_VALUE
%FLAG DIHEDRAL_FORCE_CONSTANT
%FLAG DIHEDRAL_PERIODICITY
%FLAG DIHEDRAL_PHASE
%FLAG SCEE_SCALE_FACTOR
%FLAG SCNB_SCALE_FACTOR
%FLAG SOLTY
%FLAG LENNARD_JONES_ACOEF
%FLAG LENNARD_JONES_BCOEF
%FLAG BONDS_INC_HYDROGEN
%FLAG BONDS_WITHOUT_HYDROGEN
%FLAG ANGLES_INC_HYDROGEN
%FLAG ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN
%FLAG DIHEDRALS_INC_HYDROGEN
%FLAG DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN
%FLAG EXCLUDED_ATOMS_LIST
%FLAG HBOND_ACOEF
%FLAG HBOND_BCOEF
%FLAG HBCUT
%FLAG AMBER_ATOM_TYPE
%FLAG TREE_CHAIN_CLASSIFICATION
%FLAG JOIN_ARRAY
%FLAG IROTAT
%FLAG RADIUS_SET
%FLAG RADII
%FLAG SCREEN
%FLAG IPOL
我們會(huì)發(fā)現(xiàn)在amber .prmtop文件中，并沒(méi)有IMPROPER這一標(biāo)識(shí)，說(shuō)明AMBER應(yīng)該是將
IMPROPER 和 PROPER 整合在一起了，NAMD根據(jù)FLAG讀取amber力場(chǎng)參數(shù)，故只能得到
DIHEDRAL，我認(rèn)為 NAMD .log 輸出中給出的 DIHEDRAL = PROPER + IMPROPER
（當(dāng)然，這是對(duì)amber FF作為輸入而言）

轉(zhuǎn) http://simulation.haotui.com/thread-45212-1-1.html

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回復(fù)此樓

5樓2014-02-18 21:22:52

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 5 個(gè)回答

smutao

主管區(qū)長(zhǎng)

★ ★ ★
vip_zzc(金幣+2): 謝謝參與
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-18 18:27:42

本帖內(nèi)容被屏蔽

3樓2014-02-18 17:28:47

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

vip_zzc

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引用回帖:

3樓: Originally posted by smutao at 2014-02-18 17:28:47
請(qǐng)樓主參見(jiàn)
RUN NAMD with Amber Force Field
http://ambermd.org/namd/namd_amber.html
里面好像有講到樓主的那個(gè)問(wèn)題

這個(gè)之前就看過(guò)了，主要說(shuō)明是用AMBER力場(chǎng)時(shí)，在NAMD配置文件應(yīng)該如何對(duì)相應(yīng)選項(xiàng)進(jìn)行設(shè)置的問(wèn)題。
但并未提到我所描述的問(wèn)題。。
不過(guò)，仍然感謝你的回復(fù)~~

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回復(fù)此樓

4樓2014-02-18 20:31:52

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簡(jiǎn)單回復(fù)

kiss200855372樓

2014-02-18 15:55 回復(fù)

vip_zzc(金幣+2): 謝謝參與

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