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[求助]
MS初學(xué)者遇到幾個問題，求大神幫助 已有1人參與
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1，如何在分子篩骨架中的隨機(jī)位置上插入N個分子，并且還不與分子篩粒子重疊 2，進(jìn)行MD模擬設(shè)定過程中，如何設(shè)定在“指定的溫度下使所有原子的速度 服從Boltzmann分布，并且使體系的總動量為零，再采用Nose—Hoover 熱浴法調(diào)整體系的溫度”？ 3，如何設(shè)定立方周期性，或者X，Y方向周期性？ 4，加入動力學(xué)模擬步長為1納秒，如何設(shè)定前400PS為熱力學(xué)平衡，后600PS為數(shù)據(jù)收集？ 我使用的是MS5.5.。。。。。。。。。。懇求哪位大神賜教， |
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【答案】應(yīng)助回帖
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1.估計AC模塊可用； 2.參見Discover或者forcire的MD幫助文檔，比如Discover的MD模擬中，初始速度為波爾茲曼分布； 3.MS構(gòu)建的模型通常已滿足周期性邊界條件； 4.在運行MS之前，先跑400ps，設(shè)置只需保存最終結(jié)構(gòu)；再接著跑600ps，設(shè)置一定采樣頻率。 |
2樓2014-03-01 11:18:35
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