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[求助]
MS初學者遇到幾個問題,求大神幫助 已有1人參與
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1,如何在分子篩骨架中的隨機位置上插入N個分子,并且還不與分子篩粒子重疊 2,進行MD模擬設(shè)定過程中,如何設(shè)定在“指定的溫度下使所有原子的速度 服從Boltzmann分布,并且使體系的總動量為零,再采用Nose—Hoover 熱浴法調(diào)整體系的溫度”? 3,如何設(shè)定立方周期性,或者X,Y方向周期性? 4,加入動力學模擬步長為1納秒,如何設(shè)定前400PS為熱力學平衡,后600PS為數(shù)據(jù)收集? 我使用的是MS5.5.。。。。。。。。。。懇求哪位大神賜教, |
主管區(qū)長 (職業(yè)作家)
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專家經(jīng)驗: +1059 |
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1.估計AC模塊可用; 2.參見Discover或者forcire的MD幫助文檔,比如Discover的MD模擬中,初始速度為波爾茲曼分布; 3.MS構(gòu)建的模型通常已滿足周期性邊界條件; 4.在運行MS之前,先跑400ps,設(shè)置只需保存最終結(jié)構(gòu);再接著跑600ps,設(shè)置一定采樣頻率。 |

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