 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 5692 | 回復(fù): 12 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
zhangjunpeng至尊木蟲 (知名作家)
|
[交流]
TCGA數(shù)據(jù)庫的使用交流 已有10人參與
|
|||
|
在生信領(lǐng)域，數(shù)據(jù)源是非常重要的，畢竟誰也不想感受“巧婦無米之炊”的感覺。隨著大數(shù)據(jù)時代的到來，各種大型生物公共數(shù)據(jù)庫也不斷完善，其中就包括The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）數(shù)據(jù)庫。TCGA數(shù)據(jù)源大部分都是公開的，如何有效的進(jìn)行收集和預(yù)處理是一個頭疼的問題。 目前來能夠從TCGA數(shù)據(jù)庫中提取數(shù)據(jù)的處理工具有cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和GenePattern（http://www.broadinstitute.org/ca ... tern/download/index）。這些工具使用起來還是有其局限性，都不能夠輕易獲取每個癌癥類型的二維數(shù)據(jù)矩陣（例如基因為rows，樣本為columns）。 因此開此貼，歡迎各位同行蟲友交流一下獲取TCGA數(shù)據(jù)庫的經(jīng)驗，以及間接獲取TCGA數(shù)據(jù)的工具使用技巧和方法。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子生化實驗經(jīng)驗積累 |
» 猜你喜歡
本人考085602 化學(xué)工程 專碩
已經(jīng)有23人回復(fù)
-
求調(diào)劑院校信息
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工306
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(333分)
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
269專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- The Cancer Genome Atlas (TCGA)數(shù)據(jù)庫的使用？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 求TCGA 數(shù)據(jù)庫的使用說明，關(guān)于數(shù)據(jù)的。
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 交流一下Ei數(shù)據(jù)庫的收錄事情
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助/交流】從哪個數(shù)據(jù)庫可查詢到miRNA序列信息
已經(jīng)有3人回復(fù)
scybhmu老譚
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 3020.1
- 散金: 20
- 帖子: 271
- 在線: 43.6小時
- 蟲號: 2120575
- 注冊: 2012-11-11
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
4樓2014-04-12 14:21:03
biojamie
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1150.5
- 散金: 47
- 帖子: 31
- 在線: 84小時
- 蟲號: 1847813
- 注冊: 2012-06-05
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
| 我最近也在使用TCGA的一些數(shù)據(jù)，TCGA只公開部分的腫瘤數(shù)據(jù)，有一些是可以下載，但不能發(fā)布使用，對于既能下又能用的部分(我用到的是22種腫瘤)，又分為基因組的variation和RNA seq的一些原始結(jié)果(目前我所知道的)。最好是批量下載，即在它的ftp上把整個文件夾獲取。另外也推薦一個腫瘤數(shù)據(jù)庫：COSMIC 里面的mutation文件竟包含了TCGA的一些結(jié)果，但我沒細(xì)看是否完全包含了，lz如果深入做這部分，可以向你請教一下！ |
2樓2014-03-18 22:11:58
zhangjunpeng
至尊木蟲 (知名作家)
- 應(yīng)助: 125 (高中生)
- 金幣: 26451.5
- 散金: 3660
- 紅花: 51
- 沙發(fā): 20
- 帖子: 8565
- 在線: 2032.5小時
- 蟲號: 930914
- 注冊: 2009-12-20
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
3樓2014-03-18 22:33:43
zhangjunpeng
至尊木蟲 (知名作家)
- 應(yīng)助: 125 (高中生)
- 金幣: 26451.5
- 散金: 3660
- 紅花: 51
- 沙發(fā): 20
- 帖子: 8565
- 在線: 2032.5小時
- 蟲號: 930914
- 注冊: 2009-12-20
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
5樓2014-04-12 15:37:17
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 269專碩求調(diào)劑 +5 | 金恩貝 2026-03-21 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +5 | 十三加油 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 13341 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)297求調(diào)劑 +3 | Daisy☆ 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 26考研一志愿中國石油大學(xué)(華東)305分求調(diào)劑 +6 | 嘉年新程 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
[考研] 南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑 +6 | 77chaselx 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 310求調(diào)劑 +3 | baibai1314 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600 +9 | Ncdx123456 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +5 | sbdksD 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | eation27 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +7 | heming3743 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +6 | lemonzzn 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +6 | knight344 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 【同濟(jì)軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +5 | 上岸的小葡 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考博] 26申博 +4 | 八6八68 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 小賈同學(xué)123 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
 11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|