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zhangjunpeng至尊木蟲 (知名作家)
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[交流]
TCGA數(shù)據(jù)庫的使用交流 已有10人參與
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在生信領(lǐng)域，數(shù)據(jù)源是非常重要的，畢竟誰也不想感受“巧婦無米之炊”的感覺。隨著大數(shù)據(jù)時代的到來，各種大型生物公共數(shù)據(jù)庫也不斷完善，其中就包括The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）數(shù)據(jù)庫。TCGA數(shù)據(jù)源大部分都是公開的，如何有效的進行收集和預(yù)處理是一個頭疼的問題。 目前來能夠從TCGA數(shù)據(jù)庫中提取數(shù)據(jù)的處理工具有cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和GenePattern（http://www.broadinstitute.org/ca ... tern/download/index）。這些工具使用起來還是有其局限性，都不能夠輕易獲取每個癌癥類型的二維數(shù)據(jù)矩陣（例如基因為rows，樣本為columns）。 因此開此貼，歡迎各位同行蟲友交流一下獲取TCGA數(shù)據(jù)庫的經(jīng)驗，以及間接獲取TCGA數(shù)據(jù)的工具使用技巧和方法。 |
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zhangjunpeng
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