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zhangjunpeng至尊木蟲 (知名作家)
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[交流]
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用交流 已有10人參與
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在生信領(lǐng)域，數(shù)據(jù)源是非常重要的，畢竟誰(shuí)也不想感受“巧婦無(wú)米之炊”的感覺。隨著大數(shù)據(jù)時(shí)代的到來(lái)，各種大型生物公共數(shù)據(jù)庫(kù)也不斷完善，其中就包括The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）數(shù)據(jù)庫(kù)。TCGA數(shù)據(jù)源大部分都是公開的，如何有效的進(jìn)行收集和預(yù)處理是一個(gè)頭疼的問題。 目前來(lái)能夠從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中提取數(shù)據(jù)的處理工具有cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和GenePattern（http://www.broadinstitute.org/ca ... tern/download/index）。這些工具使用起來(lái)還是有其局限性，都不能夠輕易獲取每個(gè)癌癥類型的二維數(shù)據(jù)矩陣（例如基因?yàn)閞ows，樣本為columns）。 因此開此貼，歡迎各位同行蟲友交流一下獲取TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的經(jīng)驗(yàn)，以及間接獲取TCGA數(shù)據(jù)的工具使用技巧和方法。 |
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| 我最近也在使用TCGA的一些數(shù)據(jù)，TCGA只公開部分的腫瘤數(shù)據(jù)，有一些是可以下載，但不能發(fā)布使用，對(duì)于既能下又能用的部分(我用到的是22種腫瘤)，又分為基因組的variation和RNA seq的一些原始結(jié)果(目前我所知道的)。最好是批量下載，即在它的ftp上把整個(gè)文件夾獲取。另外也推薦一個(gè)腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)：COSMIC 里面的mutation文件竟包含了TCGA的一些結(jié)果，但我沒細(xì)看是否完全包含了，lz如果深入做這部分，可以向你請(qǐng)教一下！ |
2樓2014-03-18 22:11:58
zhangjunpeng
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4樓2014-04-12 14:21:03
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