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yzvbio新蟲 (初入文壇)
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[求助]
EST序列的聚類、拼接以及糾錯(cuò)是怎樣進(jìn)行的，推薦使用那些軟件？！
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各位大神們，我是一個(gè)剛剛開始進(jìn)行生物信息分析實(shí)驗(yàn)的本科生，我需要做一個(gè)寧夏枸杞ACS基因的電子克隆，但是貌似NCBI的數(shù)據(jù)庫里沒有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄來進(jìn)行電子克隆。 但是剛剛開始就遇到了很多的問題，自己學(xué)習(xí)了和了解很多關(guān)于電子克隆的相關(guān)內(nèi)容，但是很多前輩說的比較深入，使得我不明白其中的一些具體步驟的操作問題，日夜的琢磨效率總也提不起來，我實(shí)在是沒辦法了，好無奈啊！真心想在最后作一篇優(yōu)秀論文出來，所以想到應(yīng)該在此求助各位大神細(xì)心指導(dǎo)一下，在下真心感激，感激不盡啊，我把我全部的金幣都拿來作為獎(jiǎng)勵(lì)了。 在提主要問題之前，先請(qǐng)教一下大神幾個(gè)概念的區(qū)別：1、聚類與拼接的具體關(guān)系和區(qū)別；2、unigene和unigene cluster；3、電子克隆時(shí)，在選擇BLAST比對(duì)檢索出來的序列時(shí)，需要注意哪些指標(biāo)（或者是BLAST后結(jié)果中列表里顯示的各個(gè)參數(shù)“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎樣的范圍才是最能選用的序列）？ 我目前遇到的主要問題是： 1、找到一條相關(guān)的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上進(jìn)行相應(yīng)對(duì)庫檢索，開始檢索前，應(yīng)該怎樣選擇檢索數(shù)據(jù)庫（選dbEST嗎？還是默認(rèn)就行？�。� 找到相似度最高的一條序列之后將其與種子序列進(jìn)行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至無法再衍生，還是在拼接之前要對(duì)序列進(jìn)行哪些處理呢？！ 2、有的教材上說可以通過unigene檢索EST以及下載unigene cluster之類的方法又是幾個(gè)意思呢？！ 3、在比對(duì)序列和構(gòu)建進(jìn)化樹時(shí)，用MEGA6.0 應(yīng)該比較合適的吧？！或者還需要其他什么軟件嗎？！ 4、在聚類 拼接 序列時(shí)，大神推薦個(gè)拼接軟件吧！最近看的資料和教材比較多，用的都是各種不同的軟件，因?yàn)闆]用過Linux系統(tǒng)，只用window系統(tǒng)，我試著用過DANstar 的SeqMan來拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要對(duì)序列進(jìn)行處理嗎？！需要做哪些處理？！聚類和拼接的區(qū)分到底分別是哪幾部分操作？！ 問題有些多，沒辦法，實(shí)在是不得不問，不然做不出來��！請(qǐng)大神多多教導(dǎo)��！實(shí)在感激不盡！ 目前最主要的疑問就是上述的，還有其他問題再和各位大神求助！我想好好做一篇畢業(yè)論文，希望大家多多幫助！對(duì)所有的幫助者我都十分感謝！ |
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