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yzvbio新蟲 (初入文壇)
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[交流]
EST序列的聚類、拼接以及糾錯是怎樣進行的，推薦使用那些軟件？！ 已有1人參與
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各位大神們，我是一個剛剛開始進行生物信息分析實驗的本科生，我需要做一個寧夏枸杞ACS基因的電子克隆，但是貌似NCBI的數(shù)據(jù)庫里沒有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄來進行電子克隆。 但是剛剛開始就遇到了很多的問題，自己學(xué)習(xí)了和了解很多關(guān)于電子克隆的相關(guān)內(nèi)容，但是很多前輩說的比較深入，使得我不明白其中的一些具體步驟的操作問題，日夜的琢磨效率總也提不起來，我實在是沒辦法了，好無奈啊！真心想在最后作一篇優(yōu)秀論文出來，所以想到應(yīng)該在此求助各位大神細(xì)心指導(dǎo)一下，在下真心感激，感激不盡��！ 在提主要問題之前，先請教一下大神幾個概念的區(qū)別：1、聚類與拼接的具體關(guān)系和區(qū)別；2、unigene和unigene cluster；3、電子克隆時，在選擇BLAST比對檢索出來的序列時，需要注意哪些指標(biāo)（或者是BLAST后結(jié)果中列表里顯示的各個參數(shù)“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎樣的范圍才是最能選用的序列）？ 我目前遇到的主要問題是： 1、找到一條相關(guān)的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上進行相應(yīng)對庫檢索，開始檢索前，應(yīng)該怎樣選擇檢索數(shù)據(jù)庫（選dbEST嗎？還是默認(rèn)就行？�。� 找到相似度最高的一條序列之后將其與種子序列進行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至無法再衍生，還是在拼接之前要對序列進行哪些處理呢？！ 2、有的教材上說可以通過unigene檢索EST以及下載unigene cluster之類的方法又是幾個意思呢？！ 3、在比對序列和構(gòu)建進化樹時，用MEGA6.0 應(yīng)該比較合適的吧？！或者還需要其他什么軟件嗎？！ 4、在聚類 拼接 序列時，大神推薦個拼接軟件吧！最近看的資料和教材比較多，用的都是各種不同的軟件，因為沒用過Linux系統(tǒng)，只用window系統(tǒng)，我試著用過DANstar 的SeqMan來拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要對序列進行處理嗎？！需要做哪些處理？！聚類和拼接的區(qū)分到底分別是哪幾部分操作？！ 問題有些多，沒辦法，實在是不得不問，不然做不出來��！請大神多多教導(dǎo)��！實在感激不盡！ 目前最主要的疑問就是上述的，還有其他問題再和各位大神求助！我想好好做一篇畢業(yè)論文，希望大家多多幫助！對所有的幫助者我都十分感謝！各位大神們，我是一個剛剛開始進行生物信息分析實驗的本科生，我需要做一個寧夏枸杞ACS基因的電子克隆，但是貌似NCBI的數(shù)據(jù)庫里沒有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄來進行電子克隆。 但是剛剛開始就遇到了很多的問題，自己學(xué)習(xí)了和了解很多關(guān)于電子克隆的相關(guān)內(nèi)容，但是很多前輩說的比較深入，使得我不明白其中的一些具體步驟的操作問題，日夜的琢磨效率總也提不起來，我實在是沒辦法了，好無奈啊！真心想在最后作一篇優(yōu)秀論文出來，所以想到應(yīng)該在此求助各位大神細(xì)心指導(dǎo)一下，在下真心感激，感激不盡啊，我把我全部的金幣都拿來作為獎勵了。 在提主要問題之前，先請教一下大神幾個概念的區(qū)別：1、聚類與拼接的具體關(guān)系和區(qū)別；2、unigene和unigene cluster；3、電子克隆時，在選擇BLAST比對檢索出來的序列時，需要注意哪些指標(biāo)（或者是BLAST后結(jié)果中列表里顯示的各個參數(shù)“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎樣的范圍才是最能選用的序列）？ 我目前遇到的主要問題是： 1、找到一條相關(guān)的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上進行相應(yīng)對庫檢索，開始檢索前，應(yīng)該怎樣選擇檢索數(shù)據(jù)庫（選dbEST嗎？還是默認(rèn)就行？�。� 找到相似度最高的一條序列之后將其與種子序列進行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至無法再衍生，還是在拼接之前要對序列進行哪些處理呢？！ 2、有的教材上說可以通過unigene檢索EST以及下載unigene cluster之類的方法又是幾個意思呢？！ 3、在比對序列和構(gòu)建進化樹時，用MEGA6.0 應(yīng)該比較合適的吧？！或者還需要其他什么軟件嗎？！ 4、在聚類 拼接 序列時，大神推薦個拼接軟件吧！最近看的資料和教材比較多，用的都是各種不同的軟件，因為沒用過Linux系統(tǒng)，只用window系統(tǒng)，我試著用過DANstar 的SeqMan來拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要對序列進行處理嗎？！需要做哪些處理？！聚類和拼接的區(qū)分到底分別是哪幾部分操作？！ 問題有些多，沒辦法，實在是不得不問，不然做不出來��！請大神多多教導(dǎo)��！實在感激不盡！ 目前最主要的疑問就是上述的，還有其他問題再和各位大神求助！我想好好做一篇畢業(yè)論文，希望大家多多幫助！對所有的幫助者我都十分感謝！ |
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上官雨昕9
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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- 專業(yè): 畜牧學(xué)
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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MEGA軟件可以進行序列比對，但好像沒有看到類似NCBI中給出的比對百分之多少的結(jié)果。也是可以做進化樹的。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2018-05-14 19:18:25
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