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高通量測(cè)序平臺(tái)匯總
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高通量測(cè)序技術(shù)（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測(cè)序技術(shù)（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行對(duì)幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定和一般讀長較短等為標(biāo)志。 自從2005年454 Life Sciences公司（2007年該公司被Roche正式收購）推出了454 FLX焦磷酸測(cè)序平臺(tái)（454 FLX pyrosequencing platform）以來，因?yàn)樗麄兊娜^產(chǎn)品毛細(xì)管陣列電泳測(cè)序儀系列（series capillary array electrophoresis sequencing machines）遇到了兩個(gè)強(qiáng)有力的競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手，曾推出過3730xl DNA測(cè)序儀（3730xl DNA Analyzer）的Applied BioSystem（ABI）這家一直占據(jù)著測(cè)序市場(chǎng)最大份額的公司的領(lǐng)先地位就開始動(dòng)搖了，一個(gè)就是羅氏公司(Roche)的454 測(cè)序儀(Roch GS FLX sequencer)，，另一個(gè)就是2006年美國Illumina公司推出的Solexa基因組分析平臺(tái)（Genome Analyzer platform），為此，2007年ABI公司推出了自主研發(fā)的SOLiD 測(cè)序儀(ABI SOLiD sequencer)。國內(nèi)少數(shù)幾家科研單位近幾年更是引進(jìn)了Pacbio 第三代測(cè)序系統(tǒng)，下面提供下幾代測(cè)序技術(shù)的比較 第X代 公司 平臺(tái)名稱 測(cè)序方法 檢測(cè)方法 大約讀長(堿基數(shù)) 優(yōu)點(diǎn) 相對(duì)局限性 第一代 ABI/生命技術(shù)公司 3130xL-3730xL 桑格-毛細(xì)管電泳測(cè)序法 熒光/光學(xué) 600-1000 高讀長，準(zhǔn)確度一次性達(dá)標(biāo)率高，能很好處理重復(fù)序列和多聚序列 通量低；樣品制備成本高，使之難以做大量的平行測(cè)序 第一代 貝克曼 GeXP遺傳分析系統(tǒng) 桑格-毛細(xì)管電泳測(cè)序法 熒光/光學(xué) 600-1000 高讀長，準(zhǔn)確度一次性達(dá)標(biāo)率高，能很好處理重復(fù)序列和多聚序列；易小型化 通量低；單個(gè)樣品的制備成本相對(duì)較高 第二代 Roche/454 基因組測(cè)序儀FLX系統(tǒng) 焦磷酸測(cè)序法 光學(xué) 230-400 在第二代中最高讀長；比第一代的測(cè)序通量大 樣品制備較難；難于處理重復(fù)和同種堿基多聚區(qū)域；試劑沖洗帶來錯(cuò)誤累積；儀器昂貴 第二代 Illumina HiSeq2000,HiSeq2500/MiSeq 可逆鏈終止物和合成測(cè)序法 熒光/光學(xué) 2x150 很高測(cè)序通量 儀器昂貴；用于數(shù)據(jù)刪節(jié)和分析的費(fèi)用很高 第二代 ABI/Solid 5500xlSolid系統(tǒng) 連接測(cè)序法 熒光/光學(xué) 25-35 很高測(cè)序通量；在廣為接受的幾種第二代平臺(tái)中，所要拼接出人類基因組的試劑成本最低 測(cè)序運(yùn)行時(shí)間長；讀長短，造成成本高，數(shù)據(jù)分析困難和基因組拼接困難；儀器昂貴 第二代 赫利克斯 Heliscope 單分子合成測(cè)序法 熒光/光學(xué) 25-30 高通量；在第二代中屬于單分子性質(zhì)的測(cè)序技術(shù) 讀長短，推高了測(cè)序成本，降低了基因組拼接的質(zhì)量；儀器非常昂貴 第三代 太平洋生物科學(xué)公司 PacBio RS 實(shí)時(shí)單分子DNA測(cè)序 熒光/光學(xué) ~1000 高平均讀長，比第一代的測(cè)序時(shí)間降低；不需要擴(kuò)增；最長單個(gè)讀長接近3000堿基 并不能高效地將DNA聚合酶加到測(cè)序陣列中；準(zhǔn)確性一次性達(dá)標(biāo)的機(jī)會(huì)低（81-83%）；DNA聚合酶在陣列中降解；總體上每個(gè)堿基測(cè)序成本高（儀器昂貴）； 第三代 全基因組學(xué)公司 GeXP遺傳分析系統(tǒng) 復(fù)合探針錨雜交和連接技術(shù) 熒光/光學(xué) 10 在第三代中通量最高；在所有測(cè)序技術(shù)中，用于拼接一個(gè)人基因組的試劑成本最低；每個(gè)測(cè)序步驟獨(dú)立，使錯(cuò)誤的累積變得最低 低讀長； 模板制備妨礙長重復(fù)序列區(qū)域測(cè)序；樣品制備費(fèi)事；尚無商業(yè)化供應(yīng)的儀器 第三代 Ion Torrent/生命技術(shù)公司 個(gè)人基因組測(cè)序儀（PGM） 合成測(cè)序法 以離子敏感場(chǎng)效應(yīng)晶體管檢測(cè)pH值變化 100-200 對(duì)核酸堿基的摻入可直接測(cè)定；在自然條件下進(jìn)行DNA合成（不需要使用修飾過的堿基） 一步步的洗脫過程可導(dǎo)致錯(cuò)誤累積；閱讀高重復(fù)和同種多聚序列時(shí)有潛在困難； 第三代 牛津納米孔公司 gridION 納米孔外切酶測(cè)序 電流 尚未定量 有潛力達(dá)到高讀長；可以成本生產(chǎn)納米孔；無需熒光標(biāo)記或光學(xué)手段 切斷的核苷酸可能被讀錯(cuò)方向；難于生產(chǎn)出帶多重平行孔的裝置 |
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 高通量測(cè)序 |
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7樓2014-03-28 09:45:28
myyounger
至尊木蟲 (文壇精英)
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9樓2014-03-28 09:51:56
11樓2016-04-29 02:12:37
簡(jiǎn)單回復(fù)
2014-03-27 16:06
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想飛的fish(金幣+1): 謝謝參與
無為之人3樓
2014-03-27 17:39
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想飛的fish(金幣+1): 謝謝參與
2014-03-27 17:45
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想飛的fish(金幣+1): 謝謝參與
2014-03-27 17:55
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想飛的fish(金幣+1): 謝謝參與
nono20096樓
2014-03-28 09:33
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想飛的fish(金幣+1): 謝謝參與
kingki8樓
2014-03-28 09:49
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lukeniuniu10樓
2014-05-05 14:42
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