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seamas_gao1銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的“raw data”和“clean data”里為什么全是100bp的序列？ 已有3人參與
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| 我測了幾個轉(zhuǎn)錄組樣品，測序公司把“raw data”和“clean data”，都給我了，都是fq格式的文件，每個大概5個G。我打開發(fā)現(xiàn)里面全都是100 bp的序列，請問這正常嗎？QC和拼接都是用這些100bp的序列嗎？ |
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以人的基因組為例，總共３G bp, 如果總測序量是９０G（９０bp*1G reads），則基因組上每個位點平均被覆蓋３０次，叫做３０X覆蓋；注意這不意味著每個位點都有３０次覆蓋，實際上是一個分布； 轉(zhuǎn)錄組的話，由于每個基因表達量差別很大，所以討論１００倍覆蓋其實沒有意義． |
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seamas_gao115樓2014-04-14 14:22:24
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11樓2014-04-03 11:25:21
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| 如果你使用的是illumina測序的話都是片段為100bp的reads，raw reads就是測序完后的原始序列，而cleanreads是去除接頭以及一些質(zhì)量值較低的reads后產(chǎn)生的。 |
9樓2014-04-02 08:05:16
12樓2014-04-04 09:50:14
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21樓2014-09-16 09:30:18
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2樓2014-03-31 11:10:23
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3樓2014-03-31 12:09:23
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4樓2014-04-01 08:00:38
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正常的，如果是轉(zhuǎn)錄組、DNA重測序，illumina平臺一般都是采用PE100測序，測序的過程中都是測DNA片斷2端各100bp，所以下機出來的都是100bp的片斷。 raw data是原始下機數(shù)據(jù)，clean data是經(jīng)過過濾處理后留下的數(shù)據(jù)，該數(shù)據(jù)用于后續(xù)的生物信息分析。 |
5樓2014-04-01 10:58:42
6樓2014-04-01 11:03:50
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7樓2014-04-01 15:40:09
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8樓2014-04-01 15:40:22
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10樓2014-04-03 10:06:23
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