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飄落的丘陵金蟲 (正式寫手)
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[求助]
求大神幫忙~用sybyl做COMFA時(shí)q2值太小，有時(shí)還是負(fù)的，怎么提高q2？ 已有3人參與
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用sybyl做COMFA時(shí)q2值太小，有時(shí)還是負(fù)的，SEE的值大，r2值小，怎么提高q2？ 用對(duì)接的方式做的疊q2為0.013，而用骨架疊合時(shí)q2為負(fù)值，求大神幫忙，這怎么提高q2啊？ |
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2樓2014-04-03 08:36:54
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3樓2014-04-06 11:23:51
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【答案】應(yīng)助回帖
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飄落的丘陵: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-04-12 11:04:42
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能量?jī)?yōu)化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的優(yōu)化結(jié)果就不同，后者結(jié)果更好，計(jì)算時(shí)間長(zhǎng)很多。能量?jī)?yōu)化畢竟是在初始構(gòu)象開始，所以你的初始構(gòu)象會(huì)影響你能量?jī)?yōu)化的結(jié)果，有些時(shí)候會(huì)試用晶體構(gòu)象或者對(duì)接構(gòu)象做初始點(diǎn)。 |
5樓2014-04-12 01:07:20
飄落的丘陵
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6樓2014-04-12 11:07:41
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7樓2014-04-23 10:14:50
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8樓2014-04-24 12:25:31
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