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李菲琦新蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于PDB中的低聚蛋白數(shù)據(jù)注釋 已有1人參與
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關(guān)于PDB數(shù)據(jù)庫中的低聚體數(shù)據(jù)，怎么區(qū)分低聚體是軟件合成的還是作者實驗合成的？ 比如： 1）有的PDB結(jié)構(gòu)（比如4EA3）表示是Homo 2-mer - A2，下載后打開看也是二聚體的形式，但是網(wǎng)頁注釋（右上方）又表明這個Biological assembly 1 generated by PISA (software)。那么這個PDB低聚體數(shù)據(jù)是由作者做實驗得到的呢，還是說作者合成的是單體，但是通過PISA軟件合成了它的低聚體晶體形式。這個PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)算不算真實存在的低聚體晶體結(jié)構(gòu)？ 2）有的PDB結(jié)構(gòu)(2ycy)表示是Monomer，但是下載后得到的卻是二聚體的形式，下邊解釋表明Biological assembly 1 generated by PISA (software)。那么是不是說作者得到的是單體的晶體結(jié)構(gòu)，但是通過PISA軟件合成了它的低聚體。那么這個PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)算不算真實存在的低聚體晶體結(jié)構(gòu)？ 3）如果PDB（2Y01）的注釋是Biological assembly 1 assigned by authors，那么意思是作者實驗得到的真是存在的低聚體晶體結(jié)構(gòu)？ 4）還是說從PDB中得到的數(shù)據(jù)都是實驗得到的晶體結(jié)構(gòu)？ 非常感謝。。。。這些不了解，就沒法進(jìn)行低聚體數(shù)據(jù)收集。。。。。 問題2圖.jpg 該下載哪個PDB數(shù)據(jù)呢?.jpg 問題1圖.jpg 問題3圖.jpg |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
李菲琦: 金幣+20, ★有幫助 2014-04-09 15:06:20
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
李菲琦: 金幣+20, ★有幫助 2014-04-09 15:06:20
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首先聲明其實我也不太懂,下面是我的理解謹(jǐn)供參考。 Biological assembly assigned by authors 是作者提供的，Biological assembly generated by PISA (software) 是軟件預(yù)測的。 它提供了很多個assembly, 同一個assembly可能是作者提供的可能是軟件預(yù)測的，也可能是兩者共同的。 還有我感覺你搞混了PDB structure 和 biological assembly。一個protein的PDB structure 可能由多條鏈組成，而biological assembly 看的是biological condition 下多少個protein assemble 在一起然后to be functional. 至于下載那個格式然你軟件支持哪種格式了唄。 |
2樓2014-04-07 18:30:27
李菲琦
新蟲 (初入文壇)
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3樓2014-04-09 15:05:50
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簡單的說，按照慣例PDB里面的structure顯示的是asymmetric unit/Unit cell 的structure, 而一個biological assembly (the functional form of a protein)它的結(jié)構(gòu)跟晶體狀態(tài)中的結(jié)構(gòu)不太一樣。 a biological assembly may be built from: one copy of the asymmetric unit multiple copies of the asymmetric unit a portion of the asymmetric unit References: protein structure determination part in http://pdbwiki.org/wiki/Biological_unit http://www.rcsb.org/pdb/101/stat ... html#Anchor-BioUnit |
4樓2014-04-09 15:24:39
李菲琦
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5樓2014-04-11 10:24:39
6樓2014-04-11 20:02:32
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