 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1000 | 回復(fù): 5 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
李菲琦新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
關(guān)于PDB中的低聚蛋白數(shù)據(jù)注釋 已有1人參與
|
||
|
關(guān)于PDB數(shù)據(jù)庫中的低聚體數(shù)據(jù)，怎么區(qū)分低聚體是軟件合成的還是作者實(shí)驗(yàn)合成的？ 比如： 1）有的PDB結(jié)構(gòu)（比如4EA3）表示是Homo 2-mer - A2，下載后打開看也是二聚體的形式，但是網(wǎng)頁注釋（右上方）又表明這個(gè)Biological assembly 1 generated by PISA (software)。那么這個(gè)PDB低聚體數(shù)據(jù)是由作者做實(shí)驗(yàn)得到的呢，還是說作者合成的是單體，但是通過PISA軟件合成了它的低聚體晶體形式。這個(gè)PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)算不算真實(shí)存在的低聚體晶體結(jié)構(gòu)？ 2）有的PDB結(jié)構(gòu)(2ycy)表示是Monomer，但是下載后得到的卻是二聚體的形式，下邊解釋表明Biological assembly 1 generated by PISA (software)。那么是不是說作者得到的是單體的晶體結(jié)構(gòu)，但是通過PISA軟件合成了它的低聚體。那么這個(gè)PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)算不算真實(shí)存在的低聚體晶體結(jié)構(gòu)？ 3）如果PDB（2Y01）的注釋是Biological assembly 1 assigned by authors，那么意思是作者實(shí)驗(yàn)得到的真是存在的低聚體晶體結(jié)構(gòu)？ 4）還是說從PDB中得到的數(shù)據(jù)都是實(shí)驗(yàn)得到的晶體結(jié)構(gòu)？ 非常感謝。。。。這些不了解，就沒法進(jìn)行低聚體數(shù)據(jù)收集。。。。。 問題2圖.jpg 該下載哪個(gè)PDB數(shù)據(jù)呢?.jpg 問題1圖.jpg 問題3圖.jpg |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
287求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計(jì)算機(jī)技術(shù)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
廣西大學(xué)家禽遺傳育種課題組2026年碩士招生（接收計(jì)算機(jī)專業(yè)調(diào)劑）
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
08工學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有25人回復(fù)
-
085600材料與化工
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
|
簡單的說，按照慣例PDB里面的structure顯示的是asymmetric unit/Unit cell 的structure, 而一個(gè)biological assembly (the functional form of a protein)它的結(jié)構(gòu)跟晶體狀態(tài)中的結(jié)構(gòu)不太一樣。 a biological assembly may be built from: one copy of the asymmetric unit multiple copies of the asymmetric unit a portion of the asymmetric unit References: protein structure determination part in http://pdbwiki.org/wiki/Biological_unit http://www.rcsb.org/pdb/101/stat ... html#Anchor-BioUnit |
4樓2014-04-09 15:24:39
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
李菲琦: 金幣+20, ★有幫助 2014-04-09 15:06:20
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
李菲琦: 金幣+20, ★有幫助 2014-04-09 15:06:20
|
首先聲明其實(shí)我也不太懂,下面是我的理解謹(jǐn)供參考。 Biological assembly assigned by authors 是作者提供的，Biological assembly generated by PISA (software) 是軟件預(yù)測的。 它提供了很多個(gè)assembly, 同一個(gè)assembly可能是作者提供的可能是軟件預(yù)測的，也可能是兩者共同的。 還有我感覺你搞混了PDB structure 和 biological assembly。一個(gè)protein的PDB structure 可能由多條鏈組成，而biological assembly 看的是biological condition 下多少個(gè)protein assemble 在一起然后to be functional. 至于下載那個(gè)格式然你軟件支持哪種格式了唄。 |
2樓2014-04-07 18:30:27
李菲琦
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 98.1
- 帖子: 32
- 在線: 22.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1784324
- 注冊: 2012-04-28
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
3樓2014-04-09 15:05:50
李菲琦
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 98.1
- 帖子: 32
- 在線: 22.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1784324
- 注冊: 2012-04-28
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
5樓2014-04-11 10:24:39
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +4 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +6 | z1z2z3879 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +3 | sbdksD 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +5 | 陽陽哇塞 2026-03-14 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +11 | yangfz 2026-03-17 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +3 | @taotao 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué) 305求調(diào)劑 +4 | FY_yy 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 司空. 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +4 | Tyoumou 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 26研0 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +8 | 陌宸希 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +3 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +5 | 煙火先于春 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 277調(diào)劑 +5 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | p asserby. 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +4 | 諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)覬?/a> 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程315分求調(diào)劑 +3 | yang_0104 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 中科大材料與化工319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-14 | 3/150 |
|