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如果計(jì)算蛋白質(zhì)中N末端α-氨基及賴氨酸殘基ε-氨基數(shù)目 已有1人參與
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看到文獻(xiàn)中描述一種化合物的量為0.1 eq with respect to the total amount of primary amines of the N-terminus and all present lysines for CalB 不知這個(gè)N末端α-氨基及賴氨酸殘基ε-氨基數(shù)目怎么計(jì)算��？ 百度搜素了解到這個(gè)和肽鏈數(shù)和賴氨酸含量有關(guān)，但具體怎么算，還是不清楚，還請(qǐng)高人指點(diǎn)！ |
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biostar2009
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gyesang: 金幣+5, MolEPI+1 2014-04-09 17:08:04
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primary amines，伯胺，在蛋白質(zhì)中存在很多位置 一個(gè)是N-terminal，沒有反應(yīng)掉的氨基酸的伯胺 一個(gè)就是Lysine的epsilon-NH2 還有三個(gè)地方，化學(xué)環(huán)境有點(diǎn)不一樣，分別是Asparagine，Glutamine這倆是酰胺，和Arginine，這個(gè)是胍。 其余的地方，形成肽鍵的已經(jīng)是仲氨，或者Histidine和Tryptophan中的也是仲氨。 你這個(gè)缺乏語境，不知道你這個(gè)為什么只考慮N-terminal和Lysine，是不是排除了酰胺和胍的情況。 算N-terminal和Lysine，這事很簡(jiǎn)單，比如你有1 mol的蛋白質(zhì)，這個(gè)蛋白質(zhì)有2條鏈，那就有2 mol的N-terminal，每條鏈有4個(gè)lysine，那就是8 mol的lysine，一共就有10 mol。 |
2樓2014-04-09 14:48:59
3樓2014-04-09 19:01:23
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不好意思，想確認(rèn)一下 Lipase B的結(jié)構(gòu)是 lipase B [Candida antarctica] GenBank: CAA83122.1 GenPept Graphics >gi|515792|emb|CAA83122.1| lipase B [Candida antarctica] MKLLSLTGVAGVLATCVAATPLVKRLPSGSDPAFSQPKSVLDAGLTCQGASPSSVSKPILLVPGTGTTGP QSFDSNWIPLSTQLGYTPCWISPPPFMLNDTQVNTEYMVNAITALYAGSGNNKLPVLTWSQGGLVAQWGL TFFPSIRSKVDRLMAFAPDYKGTVLAGPLDALAVSAPSVWQQTTGSALTTALRNAGGLTQIVPTTNLYSA TDEIVQPQVSNSPLDSSYLFNGKNVQAQAVCGPLFVIDHAGSLTSQFSYVVGRSALRSTTGQARSADYGI TDCNPLPANDLTPEQKVAAAALLAPAAAAIVAGPKQNCEPDLMPYARPFAVGKRTCSGIVTP 這應(yīng)該是一條鏈，那么就一個(gè)N-terminal,這條鏈上有36個(gè)L,就有36個(gè)lysine residues,每個(gè)lysine上有一個(gè)自由amine，總共就是37個(gè)amino groups。 不知這個(gè)對(duì)不對(duì)？ 多謝！ |
4樓2014-04-11 17:58:39
biostar2009
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