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small_grass

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[求助] 無序體系的建模問題已有3人參與

模擬無序體系，其中有Li1.4RuO3,有四個鋰的位置，各占0.7。不知道該怎么建立模型,想用castep算一下能帶和態(tài)密度,甚是頭大。懇請各位大神指點一二。
data for ICSD #78722
Coll Code 78722
Rec  Date 1997/05/13
Chem Name Lithium Ruthenium Oxide (1.4/1/3)
Structured  Li1.4 Ru O3
Sum       Li1.4 O3 Ru1
ANX       A8B11X24
D(calc)    5.05
Title    Structure and lithium deintercalation of Li2-x Ru O3
Author(s) Kobayashi, H.;Kanno, R.;Kawamoto, Y.;Tabuchi, M.;Nakamura, O.;Tanako,
         M.
Reference Solid State Ionics
         (1995), 82, 25-31
Unit Cell 4.9398(6) 8.6271(10) 9.9353(8) 90. 99.262(9) 90.
Vol       417.88
Z          8
Space Group C 1 2/c 1
SG Number 15
Cryst Sys monoclinic
Pearson    mS43
Wyckoff    f4 e3 d
R Value    .0865
Red Cell C  4.939 4.970 9.935 85.412 80.737 60.204 208.942
Trans Red -1.000 0.000 0.000 / -0.500 -0.500 0.000 / 0.000 0.000 1.000
Comments No data on SOF(Li) given; x,y,z(O2) not consistent with
         listed distances
         Total SOF on at least one site differs from unity (SOF <
         0.997 resp. SOF > 1.003)
         The structure has been assigned a PDF number (calculated
         powder diffraction data): 01-085-2001
         Rietveld profile refinement applied
         X-ray diffraction (powder)
Atom  # OX SITE    x          y          z          SOF    H       ITF(U)
Ru 1  +4.6  8 f 0.237(2) 0.0843(8) 0.0012(15)    1.       0       0.17(14)
Li 1  +1 4 d 0.25       0.25       0.5          0.7       0       0.17(14)
Li 2  +1 4 e 0          0.09(6)    0.25          0.7       0       0.17(14)
Li 3  +1 4 e 0          0.41(7)    0.25          0.7       0       0.17(14)
Li 4  +1 4 e 0          0.72(3)    0.25          0.7       0       0.17(14)
O 1  -2 8 f 0.132(11) 0.25(2)    0.120(3)    1.       0       0.17(14)
O 2  -2 8 f 0.122(15) 0.577(1) 0.100(4)    1.       0       0.17(14)
O 3  -2 8 f 0.128(15) 0.923(15) 0.129(4)    1.       0       0.17(14)
*end for ICSD #78722

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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-04-14 21:29:13

你給出的就是cif文件的格式，直接在MS中打開就是。然后3D 操作，你想做什么模型都可以。

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2樓2014-04-13 00:19:00

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2樓: Originally posted by mywai520 at 2014-04-13 00:19:00
你給出的就是cif文件的格式，直接在MS中打開就是。然后3D 操作，你想做什么模型都可以。

那您知道這是一個有空位的模型，直接導入肯定不能算。也不適合用vca.請教可否具體說說怎么建空位模型，不惜賜教！

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3樓2014-04-13 09:27:17

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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-04-14 21:29:23

引用回帖:

3樓: Originally posted by small_grass at 2014-04-13 09:27:17
那您知道這是一個有空位的模型，直接導入肯定不能算。也不適合用vca.請教可否具體說說怎么建空位模型，不惜賜教！...

你在晶體結構數據庫中導出你要模型的體材料的cif文獻，然后倒入MS，在MS中，你要什么空位，就刪除什么原子。你要間隙的，就在間隙中加入你想加入的原子。若是不會操作，可以看看MS使用教程。

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4樓2014-04-13 09:44:22

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【答案】應助回帖

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small_grass(fzx2008代發(fā)): 金幣+2, 謝謝回帖！ 2014-04-28 19:27:28
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-09-22 22:14:36

不太清楚MS里面如何實現無序體系的計算，不過abinit軟件里好像能算混合贗勢，就是能指定一個格點上占百分之多少的某種元素。

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5樓2014-04-13 15:38:51

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引用回帖:

4樓: Originally posted by mywai520 at 2014-04-13 09:44:22
你在晶體結構數據庫中導出你要模型的體材料的cif文獻，然后倒入MS，在MS中，你要什么空位，就刪除什么原子。你要間隙的，就在間隙中加入你想加入的原子。若是不會操作，可以看看MS使用教程。...

呀，我想您還沒搞清楚，這個體系很復雜，要建一個超大晶胞，不是刪除那么簡單。有很多種空位位置，有很多種模型。您可以試一試。

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6樓2014-04-13 16:02:49

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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-04-14 21:29:33
small_grass(fzx2008代發(fā)): 金幣+2, 謝謝回帖！ 2014-04-28 19:27:49

引用回帖:

6樓: Originally posted by small_grass at 2014-04-13 16:02:49
呀，我想您還沒搞清楚，這個體系很復雜，要建一個超大晶胞，不是刪除那么簡單。有很多種空位位置，有很多種模型。您可以試一試。...

建立超胞的目的無非是想模擬空位之間沒有相互作用，一般十個A就是可以了。你總不至于在一個模型中計算兩個完全不同的空位對這個結構的影響，它們之間還考慮相互作用。那的確很復雜，但是物理意義卻不是很大。

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7樓2014-04-13 16:07:28

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cas_hzj

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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-09-22 22:14:50

單純用CASTEP計算，可以計算不同空位的總能，來進行判斷。最好是能用蒙特卡洛計算進行模擬，來得到空位

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small_grass

8樓2014-09-15 19:00:13

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引用回帖:

8樓: Originally posted by cas_hzj at 2014-09-15 19:00:13
單純用CASTEP計算，可以計算不同空位的總能，來進行判斷。最好是能用蒙特卡洛計算進行模擬，來得到空位

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9樓2014-09-15 22:52:30

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