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[求助] 新手求助一個quantum-espresso的使用問題！已有1人參與

我編寫了一個Grephene結(jié)構(gòu)優(yōu)化的代碼，quantum-espresso運(yùn)行的時候沒有提示錯誤，程序一直在運(yùn)行但也沒有任何輸出，代碼如下所示：
&CONTROL
calculation =’relax’,
restart_mode=’from_scratch’,
pseudo_dir = "/usr/share/espresso/pseudo",
outdir = "/home/wangdb/Workspaces/QE/graphene",
/
&SYSTEM
ibrav = 4,
celldm(1) = 4.64117D0,
celldm(3) = 12.2149837D0,
nat = 2,
ntyp = 1,
ecutwfc = 60,
occupations = "smearing",
smearing = ’fermi-dirac’,
degauss = 0.02,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.D-8,
mixing_beta = 0.3D0,
/
&IONS
ion_dynamics = "bfgs",
pot_extrapolation = "atomic",
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.0107 C.pbe-van_bm.UPF
ATOMIC_POSITIONS
C 0.0000000 0.0000000 0.000000
C 0.0000000 0.67735027 0.000000
K_POINTS automatic
30 30 1 1 1 1

后來又試著運(yùn)行程序自帶的例子，結(jié)果輸出如下錯誤：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.You may or may not see output from other processes, depending onexactly when Open MPI kills them.

剛開始用QE，不知道如何處理，請大家?guī)兔�，謝謝！

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1樓 2014-04-21 22:10:55

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
從這里來看是編譯程序上的問題，mpi出現(xiàn)了問題，你可以先測試一下，用自帶的例子。

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2樓2014-04-22 00:25:29

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引用回帖:

2樓: Originally posted by mywai520 at 2014-04-22 00:25:29
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
從這里來看是編譯程序上的問題，mpi出現(xiàn)了問題，你可以 ...

我是在Debian上用sudo直接安裝的，后來裝了個openmpi-bin，然后運(yùn)行quantum-espresso自帶的例子就出現(xiàn)如下錯誤：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.You may or may not see output from other processes, depending onexactly when Open MPI kills them.

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3樓2014-04-22 22:23:04

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引用回帖:

3樓: Originally posted by wdaobin at 2014-04-22 22:23:04
我是在Debian上用sudo直接安裝的，后來裝了個openmpi-bin，然后運(yùn)行quantum-espresso自帶的例子就出現(xiàn)如下錯誤：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invok ...

Debian? 那不如ubuntu了。也是debian的包。
這個肯定是安裝的錯誤，這里無法給出確切的回答。情況復(fù)雜，需要你自己自己去看看安裝說明，尤其是你的openmpi

你要程序并行，你必須先安裝openmpi，然后用openmpi去編譯pwscf.但是你先裝了，然后mpi ,這肯定不行。從你信息中只能看出這點(diǎn)。

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4樓2014-04-22 22:53:08

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剛才把quantum-espresso和openmpi-bin全部卸載掉，然后先安裝openmpi-bin，再安裝quantum-espresso，仍然提示相同錯誤！哭了....

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5樓2014-04-23 21:16:45

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建議：

1.安裝intel編譯器；
2.基于Intel編譯器編譯openmpi或mpich2；
3.基于第二步編譯的mpi編譯eq；

最好不要用GCC，優(yōu)化能力不如Intel，更要命的是即使成功編譯，運(yùn)行時也會遇到令人抓狂的段錯誤。
最好不要用軟件源里的qe和mpi，這兩者可能對不上，比如qe基于mpich2，而mpi卻是openmpi。

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6樓2014-04-24 08:28:31

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剛才試了Ubuntu，它自動安裝的quantum-espresso也沒法用，提示錯誤和Debian下相同�？磥硐胗肣E，非得自己編譯！

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7樓2014-04-27 21:57:36

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還得麻煩大家一下，我按照mywai520的指點(diǎn)在Ubuntu上安裝了QE，測試和運(yùn)行例子都沒有報錯，于是我就把其中一個例子拷貝到自己目錄中運(yùn)行了一下，結(jié)果得到如下錯誤：
task #       0
   from  read_namelists  : error #    5010
   reading namelist system
我的輸入文件實際上就是nh4+.in那個例子，下面是具體內(nèi)容：
&CONTROL
  calculation  = 'relax'
  prefix    = "NH",
  pseudo_dir = "/home/XXX/Program_Files/espresso-5.0.3/pseudo",
  outdir    = "/home/XXX/Workspaces/QE",
/

&SYSTEM
  ibrav    = 1,
  celldm(1) = 24.0
  nat    = 5,
  ntyp    = 2,
  ecutwfc = 30.D0,
  ecutrho = 120.D0,
  do_ee    = .true.
  nelec    = 8.0
  nbnd    = 8
/

&ELECTRONS
  conv_thr = 1.D-7,
  mixing_beta = 0.7D0,
/

&IONS
/
&EE
  which_compensation='martyna-tuckerman'
/

ATOMIC_SPECIES
N  1.00  N.pbe-paw_kj.UPF
H  1.00  H.pbe-paw_kj.UPF
ATOMIC_POSITIONS {bohr}
N  0.0  0.0  0.0  0 0 0
H  1.0  1.0  1.0
H -1.0 -1.0  1.0
H -1.0  1.0 -1.0
H  1.0 -1.0 -1.0
K_POINTS Gamma
使用的命令是：mpirun -np 4 /home/XXX/Program_Files/espresso-5.0.3/bin/pw.x < nh4+.in > nh4+.out
請大家?guī)臀铱纯磻?yīng)該如何修改？謝謝！

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8樓2014-05-06 21:30:04

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應(yīng)該是prefix = "NH4+",

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9樓2014-05-06 21:31:48

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QE-5.0.2對應(yīng)幫助文檔中SYSTEM下沒有do_ee和nelec這兩個參數(shù)。

另外nelec這個參數(shù)看上去應(yīng)該是整數(shù)。

另外“ATOMIC_SPECIES
N 1.00 N.pbe-paw_kj.UPF”
原子符號后面那個數(shù)字為相對原子質(zhì)量，N接近于14.

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10樓2014-05-07 22:24:08

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