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zzyzeus木蟲 (著名寫手)
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[求助]
Network Analysis，分析前大家是怎么匯總信息的呢？ 已有1人參與
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網(wǎng)絡(luò)分析，Network Analysis, 在著手進(jìn)行分析之前，大家是怎么匯總信息的呢？ 比如 某一生理過程的基因間相互調(diào)控，各類因子間相互作用 等等，這些信息是從數(shù)據(jù)庫中很簡(jiǎn)單的抽�。▽憘�(gè)腳本之類的）還是閱讀文獻(xiàn)自己總結(jié)，抑或是兩種方法兼顧？ |
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zzyzeus: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-04-25 22:45:20
zzyzeus: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-04-25 22:45:20
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現(xiàn)在已經(jīng)許多專門的生物信息學(xué)軟件能夠用于生物分子網(wǎng)絡(luò)的分析和可視化，比如：CentiScaPe,SNOW,VisANT,ChiBE,FANMOD等等很多種，需要根據(jù)不同的軟件的數(shù)據(jù)需求，而選擇不同的數(shù)據(jù)庫與有關(guān)的預(yù)測(cè)測(cè)軟件，獲取比較有代表性的數(shù)據(jù)信息，而不是簡(jiǎn)單的抽取數(shù)據(jù)， 比如：轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫與轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)軟件 轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫： TRANSFAC: http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html TRRD: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ TFD: http://www.ifti.org/ JASPAP : http://jaspar.cgb.ki.se/ DBTSS: http://dbtess.hgc.jp/ 轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)軟件： March 1.0 http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html TFSEACH http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html MAPPER http://mapper.chip.org P-March: http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess PatSearch http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch m2transfac http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi Signal Scan http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/ |
2樓2014-04-25 22:36:29
zzyzeus
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3樓2014-04-25 22:45:03
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【答案】應(yīng)助回帖
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zzyzeus: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2014-04-26 07:28:18
zzyzeus: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2014-04-26 07:28:18
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我雖然也涉及到生物分子網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方面的相關(guān)課題，不過沒有做過有關(guān)高等動(dòng)物發(fā)育方面的課題。 不過我在實(shí)際工作中還是一般愿意把構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)與試驗(yàn)檢測(cè)工作彼此結(jié)合。 舉一個(gè)我過去參與討論的例子： 信號(hào)分子 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4226667&page=1 分享到 QQ空間 新浪微博 騰訊微博 人人網(wǎng) [求助]信號(hào)分子 ★ ★ ★ ★ ★ [懸賞]初始懸賞金幣 10 個(gè) 西瓜(金幣+5): 鼓勵(lì)新蟲發(fā)帖交流！ 2012-03-10 14:52:31 現(xiàn)在從鏈霉菌中表達(dá)出了一種調(diào)控蛋白并提純了，通過驗(yàn)證這種調(diào)控蛋白能和基因 D結(jié)合，結(jié)合后能調(diào)節(jié)該菌株次級(jí)代謝產(chǎn)物的產(chǎn)生，但這種結(jié)合必須是在加培養(yǎng)液上清的條件下！所以上清中必然存在著某種信號(hào)分子，那么，現(xiàn)在要找到這種信號(hào)分子有什么好的方法嗎？ 【答案】應(yīng)助回帖 ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ 小丹木木: 金幣+3, 麗美眉，歡迎歡迎 2012-05-18 15:22:33 jamy1989: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-05-19 11:58:17 這實(shí)際上是在搜索某種功能分子，甚至不知道其為生物大分子，還是有機(jī)或無機(jī)小分子。基本方法就是兩個(gè)：比對(duì)和高通量。 比對(duì)，就是想法確定目的調(diào)控蛋白能和基因 D不結(jié)合的培養(yǎng)基與結(jié)合時(shí)的成分不同之處，你可以逐一去掉培養(yǎng)基有關(guān)成分試一試；高通量最好用光譜分析，可用紅外光譜，根據(jù)特征峰定性查看信號(hào)分子大致是什么，然后根據(jù)分子量大小提取出來加以鑒定。 鑒定方法很多了，有機(jī)和無機(jī)小分子，一般用紅外和原子吸收光譜就可基本上搞定，生物大分子可能要用MS，NMR等。 【答案】應(yīng)助回帖 ★ ★ ★ ★ ★ 西瓜: 金幣+5, MolEPI+1, 厲害！ 2012-05-20 18:37:56 更正一下： 你現(xiàn)在已知的蛋白質(zhì)是在細(xì)胞里結(jié)合DNA的基因D，很可能是個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，那么用上貼的招數(shù)就不對(duì)了，那招用于產(chǎn)生第二信使的膜蛋白質(zhì)。但是辦法可以借鑒，你可以用結(jié)合基因D的那種蛋白質(zhì)（假定為蛋白質(zhì)X）作為誘餌固定在層析柱上，用產(chǎn)生目的信號(hào)的細(xì)胞粉碎后過柱，看蛋白質(zhì)X與那些成分結(jié)合（假設(shè)蛋白質(zhì)X結(jié)合的特定蛋白質(zhì)叫蛋白質(zhì)Y），然后洗脫，即Pull-down,進(jìn)一步用蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用方法研究?jī)烧叩南嗷プ饔�，最�?jiǎn)單的是直接用電鏡觀察或者用原子力顯微鏡觀察，或者用紅外紫外熒光光譜分別測(cè)定兩者游離時(shí)和混合均勻靜置后的光譜變化，如果有專門軟件可以用于解析出蛋白質(zhì)X與蛋白質(zhì)Y結(jié)合前后的二級(jí)結(jié)構(gòu)變化，如果要精細(xì)些，也可以用NMR解析出蛋白質(zhì)X與蛋白質(zhì)Y結(jié)合前后的結(jié)構(gòu)及其變化。如此再用蛋白質(zhì)Y作為bait去釣取更靠近細(xì)胞膜或者就在膜上的與蛋白質(zhì)Y相互作用的蛋白質(zhì)，直到建立起完整的信號(hào)通路。 【答案】應(yīng)助回帖 ★ ★ ★ ★ ★ 西瓜: 金幣+5, MolEPI+1, 辛苦辛苦~學(xué)習(xí)了！ 2012-05-20 18:38:45 你的課題，使用pull-down釣取未知蛋白質(zhì)肯定會(huì)有假象，要注意幾點(diǎn)：1.與信號(hào)通路相關(guān)的蛋白質(zhì)必須是在特定信號(hào)通路激活時(shí)必然以活性方式出現(xiàn)在通路中的，這時(shí)要在特定信號(hào)通路激活時(shí)粉碎細(xì)胞，并且用此時(shí)的細(xì)胞提取液進(jìn)行pull-down；2.注意亞細(xì)胞定位關(guān)系，因?yàn)榉鬯榱思?xì)胞，原有的細(xì)胞區(qū)室不存在了，所以bait蛋白質(zhì)能夠特意相互作用的蛋白質(zhì)，首先考慮吊在pull-down時(shí)bait蛋白質(zhì)必須要在特定細(xì)胞信號(hào)通路存在時(shí)處于bait蛋白質(zhì)處于同一細(xì)胞區(qū)室，并且能夠與bait蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用（處于激活狀態(tài)）；3.特定細(xì)胞信號(hào)通路不存在時(shí)，要能確定該種能夠與bait蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用并且處于同一信號(hào)通路中的蛋白質(zhì)不能夠與bait蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用，或者兩者處在不同的細(xì)胞區(qū)室中或者兩者之一不處于激活狀態(tài)（首先考慮磷酸化和其他蛋白質(zhì)結(jié)合）；4.如果以上努力仍然有多個(gè)蛋白質(zhì)與bait蛋白質(zhì)結(jié)合，那么考慮親和力大小，首先考慮親和力大的可能是與bait蛋白質(zhì)在同一信號(hào)通路，親和大小比較最簡(jiǎn)單就是用洗脫液的梯度加以比較，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用主要是疏水相互作用。 5.到此就完了事吧？沒有完事！即使時(shí)只確定與bait蛋白質(zhì)在同一信號(hào)通路中的卻與bait蛋白質(zhì)直接相互作用的蛋白質(zhì)到此也沒有完事！因?yàn)椴荒艽_定與bait蛋白質(zhì)親和力最大的蛋白質(zhì)就一定是與bait蛋白質(zhì)處于同一信號(hào)通路（且這必須是在信號(hào)通路發(fā)生必定能夠相互作用的前提下），因?yàn)橹辽俨荒苷f與bait蛋白質(zhì)親和力不是最大的那些蛋白質(zhì)（如果的確存在，而且在信號(hào)通路發(fā)生必定能夠相互作用）就一定不是與bait蛋白質(zhì)處于同一信號(hào)通路，也就是說我們還不能確定bait蛋白質(zhì)在特定信號(hào)通路中在一個(gè)信號(hào)傳遞方向上只有一個(gè)蛋白質(zhì)唯一地與它直接地相互作用！那怎么辦？最簡(jiǎn)單用基因敲除，分別敲掉可能bait蛋白質(zhì)處于同一信號(hào)通路的經(jīng)過Pull-down篩選的剩下的幾種蛋白質(zhì)，看看信號(hào)通路是否發(fā)生？這是個(gè)辦法，不過太麻煩，而且萬一哪種蛋白質(zhì)特關(guān)鍵，一去掉細(xì)胞就掛了怎么辦？用不同的經(jīng)過Pull-down篩選的剩下的幾種蛋白質(zhì)的抗體分別注入細(xì)胞，看看細(xì)胞的特定信號(hào)通路會(huì)不會(huì)發(fā)生，或者用RNAi或者反義RNA分別干擾不同的經(jīng)過Pull-down篩選的剩下的幾種蛋白質(zhì)的基因表達(dá)，看看細(xì)胞的特定信號(hào)通路會(huì)不會(huì)發(fā)生。 【答案】應(yīng)助回帖 我再告訴你一種更簡(jiǎn)單的和更直接研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的試驗(yàn)方法，用Biocongation方法，即把用有關(guān)的交聯(lián)劑把能夠相互作用的蛋白質(zhì)接到一起。相互作用必須要彼此靠的足夠近，最是使用一種雙功能交聯(lián)劑把兩種相互作用的蛋白質(zhì)連接起來，可以在細(xì)胞外進(jìn)行，如果有能夠穿過膜的交聯(lián)劑也可以在細(xì)胞中進(jìn)行--------如果要在細(xì)胞中進(jìn)行，那當(dāng)然就省事多了，最好使用光激活試劑，在誘導(dǎo)你要研究的信號(hào)途徑出現(xiàn)時(shí)，用特定波長(zhǎng)的光照射（比如紫外光）已激活交聯(lián)反應(yīng)，這樣相互作用的蛋白質(zhì)就黏在一起了，之前最好給已知的與基因D相互作用的蛋白質(zhì)加個(gè)Label，比如綠色熒光蛋白，這樣就很容易知道誰與該蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用了，并很容易分離出來。如此可以循環(huán)下去，直至建立全部的特定細(xì)胞信號(hào)通道。 如果這樣的試劑不好找，那么也可在細(xì)胞外進(jìn)行。在誘導(dǎo)出現(xiàn)特定信號(hào)傳導(dǎo)時(shí)，冷凍并且粉碎細(xì)胞，然后將細(xì)胞裂解液混入足夠的一起提純的已知的與基因D相互作用的蛋白質(zhì)（簡(jiǎn)稱為蛋白質(zhì)X），事先給蛋白質(zhì)X構(gòu)建一種親和標(biāo)簽（比如His6）用電磁攪拌器溫和地在現(xiàn)特定信號(hào)傳導(dǎo)時(shí)的溫度下攪拌，而后加入一種支鏈氨基酸和EDC（碳二亞胺，催化羧基與氨基形成酰胺鍵），0-4度過夜電磁攪拌器溫和攪拌，第二天走Ni親和層析柱，由His6的蛋白質(zhì)X就被揪出來，而與蛋白質(zhì)X相互作用的蛋白質(zhì)也有不少共價(jià)連接上了要與之相互作用的未知的在同一信號(hào)通路中的蛋白質(zhì)也就一起就出來了。 【答案】應(yīng)助回帖 加氨基酸的目的是構(gòu)成連接臂，實(shí)際上換成一種直鏈的二元羧酸或者直鏈二胺也可以，但是要考慮引起的酸堿環(huán)境對(duì)于蛋白質(zhì)構(gòu)象的影響。對(duì)于蛋白質(zhì)的Label用GFP太麻煩，也可以只直接用透過膜的有機(jī)染料，比如雙砷染料），事先要在目的蛋白質(zhì)上構(gòu)建出四個(gè)Cys，構(gòu)成結(jié)合砷的配位鍵位點(diǎn)，這樣才可保證透過膜的有機(jī)染料的作用位點(diǎn)的專一性。 【答案】應(yīng)助回帖 順便說一句：我是很懶的人，做實(shí)驗(yàn)總是想找到最是的方法，最不情愿高勞動(dòng)力強(qiáng)度和高耗時(shí)的工作了；我的經(jīng)驗(yàn)：如果一個(gè)實(shí)驗(yàn)不是現(xiàn)今條件下完全不可行的實(shí)驗(yàn)（比如不依靠外星人進(jìn)行時(shí)光旅行或者不做外星飛碟而立刻去河外星系訪問外星人等 ），那么一般的講，特別復(fù)雜的實(shí)驗(yàn)方案肯定會(huì)有簡(jiǎn)單可行而且可以發(fā)更高IF的論文的替代方案。 補(bǔ)充一下：釣出來與基因D直接作用的蛋白質(zhì)（假定為蛋白質(zhì)X）的相互作用的為止蛋白質(zhì)（處于要研究的特定信號(hào)通路中，假定為蛋白質(zhì)Y），蛋白質(zhì)X與蛋白質(zhì)Y因?yàn)橹苯酉嗷プ饔迷诖呋瘎┳饔孟聠h中間臂連接在一起，因?yàn)榈鞍踪|(zhì)Y是未知的，所以分離出來蛋白質(zhì)X與蛋白質(zhì)Y的交聯(lián)體后要用酯酶、酰胺酶或化學(xué)試劑將兩者再切開，然后用質(zhì)譜結(jié)合胰蛋白酶有限酶解蛋白質(zhì)Y，再從數(shù)據(jù)庫中搜索之并加以鑒定。 另外，這步也可以用分子印跡法。 再有研究DNA-Protein也可以用ChIP，這是一種共價(jià)交聯(lián)方法，是DNA與Protein的共價(jià)交聯(lián)。 本來，我最近正好還寫了一篇構(gòu)建細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)的個(gè)人總結(jié)，一下找不到了。  你的問題很新穎，我們以后可以彼此充分交流。  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4樓2014-04-25 23:26:27
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