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zzyzeus木蟲 (著名寫手)
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[求助]
Network Analysis，分析前大家是怎么匯總信息的呢？ 已有1人參與
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網(wǎng)絡(luò)分析，Network Analysis, 在著手進(jìn)行分析之前，大家是怎么匯總信息的呢？ 比如 某一生理過程的基因間相互調(diào)控，各類因子間相互作用 等等，這些信息是從數(shù)據(jù)庫中很簡單的抽�。▽憘�腳本之類的）還是閱讀文獻(xiàn)自己總結(jié)，抑或是兩種方法兼顧？ |
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 生物信息學(xué) |
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現(xiàn)在已經(jīng)許多專門的生物信息學(xué)軟件能夠用于生物分子網(wǎng)絡(luò)的分析和可視化，比如：CentiScaPe,SNOW,VisANT,ChiBE,FANMOD等等很多種，需要根據(jù)不同的軟件的數(shù)據(jù)需求，而選擇不同的數(shù)據(jù)庫與有關(guān)的預(yù)測測軟件，獲取比較有代表性的數(shù)據(jù)信息，而不是簡單的抽取數(shù)據(jù)， 比如：轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫與轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測軟件 轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫： TRANSFAC: http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html TRRD: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ TFD: http://www.ifti.org/ JASPAP : http://jaspar.cgb.ki.se/ DBTSS: http://dbtess.hgc.jp/ 轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測軟件： March 1.0 http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html TFSEACH http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html MAPPER http://mapper.chip.org P-March: http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess PatSearch http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch m2transfac http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi Signal Scan http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/ |
2樓2014-04-25 22:36:29
zzyzeus
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3樓2014-04-25 22:45:03
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【答案】應(yīng)助回帖
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zzyzeus: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2014-04-26 07:28:18
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我雖然也涉及到生物分子網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方面的相關(guān)課題，不過沒有做過有關(guān)高等動物發(fā)育方面的課題。 不過我在實際工作中還是一般愿意把構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)與試驗檢測工作彼此結(jié)合。 舉一個我過去參與討論的例子： 信號分子 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4226667&page=1 分享到 QQ空間 新浪微博 騰訊微博 人人網(wǎng) [求助]信號分子 ★ ★ ★ ★ ★ [懸賞]初始懸賞金幣 10 個 西瓜(金幣+5): 鼓勵新蟲發(fā)帖交流！ 2012-03-10 14:52:31 現(xiàn)在從鏈霉菌中表達(dá)出了一種調(diào)控蛋白并提純了，通過驗證這種調(diào)控蛋白能和基因 D結(jié)合，結(jié)合后能調(diào)節(jié)該菌株次級代謝產(chǎn)物的產(chǎn)生，但這種結(jié)合必須是在加培養(yǎng)液上清的條件下！所以上清中必然存在著某種信號分子，那么，現(xiàn)在要找到這種信號分子有什么好的方法嗎？ 【答案】應(yīng)助回帖 ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ 小丹木木: 金幣+3, 麗美眉，歡迎歡迎 2012-05-18 15:22:33 jamy1989: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-05-19 11:58:17 這實際上是在搜索某種功能分子，甚至不知道其為生物大分子，還是有機(jī)或無機(jī)小分子�；痉椒ň褪莾蓚�：比對和高通量。 比對，就是想法確定目的調(diào)控蛋白能和基因 D不結(jié)合的培養(yǎng)基與結(jié)合時的成分不同之處，你可以逐一去掉培養(yǎng)基有關(guān)成分試一試；高通量最好用光譜分析，可用紅外光譜，根據(jù)特征峰定性查看信號分子大致是什么，然后根據(jù)分子量大小提取出來加以鑒定。 鑒定方法很多了，有機(jī)和無機(jī)小分子，一般用紅外和原子吸收光譜就可基本上搞定，生物大分子可能要用MS，NMR等。 【答案】應(yīng)助回帖 ★ ★ ★ ★ ★ 西瓜: 金幣+5, MolEPI+1, 厲害！ 2012-05-20 18:37:56 更正一下： 你現(xiàn)在已知的蛋白質(zhì)是在細(xì)胞里結(jié)合DNA的基因D，很可能是個轉(zhuǎn)錄因子，那么用上貼的招數(shù)就不對了，那招用于產(chǎn)生第二信使的膜蛋白質(zhì)。但是辦法可以借鑒，你可以用結(jié)合基因D的那種蛋白質(zhì)（假定為蛋白質(zhì)X）作為誘餌固定在層析柱上，用產(chǎn)生目的信號的細(xì)胞粉碎后過柱，看蛋白質(zhì)X與那些成分結(jié)合（假設(shè)蛋白質(zhì)X結(jié)合的特定蛋白質(zhì)叫蛋白質(zhì)Y），然后洗脫，即Pull-down,進(jìn)一步用蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用方法研究兩者的相互作用，最簡單的是直接用電鏡觀察或者用原子力顯微鏡觀察，或者用紅外紫外熒光光譜分別測定兩者游離時和混合均勻靜置后的光譜變化，如果有專門軟件可以用于解析出蛋白質(zhì)X與蛋白質(zhì)Y結(jié)合前后的二級結(jié)構(gòu)變化，如果要精細(xì)些，也可以用NMR解析出蛋白質(zhì)X與蛋白質(zhì)Y結(jié)合前后的結(jié)構(gòu)及其變化。如此再用蛋白質(zhì)Y作為bait去釣取更靠近細(xì)胞膜或者就在膜上的與蛋白質(zhì)Y相互作用的蛋白質(zhì)，直到建立起完整的信號通路。 【答案】應(yīng)助回帖 ★ ★ ★ ★ ★ 西瓜: 金幣+5, MolEPI+1, 辛苦辛苦~學(xué)習(xí)了！ 2012-05-20 18:38:45 你的課題，使用pull-down釣取未知蛋白質(zhì)肯定會有假象，要注意幾點：1.與信號通路相關(guān)的蛋白質(zhì)必須是在特定信號通路激活時必然以活性方式出現(xiàn)在通路中的，這時要在特定信號通路激活時粉碎細(xì)胞，并且用此時的細(xì)胞提取液進(jìn)行pull-down；2.注意亞細(xì)胞定位關(guān)系，因為粉碎了細(xì)胞，原有的細(xì)胞區(qū)室不存在了，所以bait蛋白質(zhì)能夠特意相互作用的蛋白質(zhì)，首先考慮吊在pull-down時bait蛋白質(zhì)必須要在特定細(xì)胞信號通路存在時處于bait蛋白質(zhì)處于同一細(xì)胞區(qū)室，并且能夠與bait蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用（處于激活狀態(tài)）；3.特定細(xì)胞信號通路不存在時，要能確定該種能夠與bait蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用并且處于同一信號通路中的蛋白質(zhì)不能夠與bait蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用，或者兩者處在不同的細(xì)胞區(qū)室中或者兩者之一不處于激活狀態(tài)（首先考慮磷酸化和其他蛋白質(zhì)結(jié)合）；4.如果以上努力仍然有多個蛋白質(zhì)與bait蛋白質(zhì)結(jié)合，那么考慮親和力大小，首先考慮親和力大的可能是與bait蛋白質(zhì)在同一信號通路，親和大小比較最簡單就是用洗脫液的梯度加以比較，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用主要是疏水相互作用。 5.到此就完了事吧？沒有完事！即使時只確定與bait蛋白質(zhì)在同一信號通路中的卻與bait蛋白質(zhì)直接相互作用的蛋白質(zhì)到此也沒有完事！因為不能確定與bait蛋白質(zhì)親和力最大的蛋白質(zhì)就一定是與bait蛋白質(zhì)處于同一信號通路（且這必須是在信號通路發(fā)生必定能夠相互作用的前提下），因為至少不能說與bait蛋白質(zhì)親和力不是最大的那些蛋白質(zhì)（如果的確存在，而且在信號通路發(fā)生必定能夠相互作用）就一定不是與bait蛋白質(zhì)處于同一信號通路，也就是說我們還不能確定bait蛋白質(zhì)在特定信號通路中在一個信號傳遞方向上只有一個蛋白質(zhì)唯一地與它直接地相互作用！那怎么辦？最簡單用基因敲除，分別敲掉可能bait蛋白質(zhì)處于同一信號通路的經(jīng)過Pull-down篩選的剩下的幾種蛋白質(zhì)，看看信號通路是否發(fā)生？這是個辦法，不過太麻煩，而且萬一哪種蛋白質(zhì)特關(guān)鍵，一去掉細(xì)胞就掛了怎么辦？用不同的經(jīng)過Pull-down篩選的剩下的幾種蛋白質(zhì)的抗體分別注入細(xì)胞，看看細(xì)胞的特定信號通路會不會發(fā)生，或者用RNAi或者反義RNA分別干擾不同的經(jīng)過Pull-down篩選的剩下的幾種蛋白質(zhì)的基因表達(dá)，看看細(xì)胞的特定信號通路會不會發(fā)生。 【答案】應(yīng)助回帖 我再告訴你一種更簡單的和更直接研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的試驗方法，用Biocongation方法，即把用有關(guān)的交聯(lián)劑把能夠相互作用的蛋白質(zhì)接到一起。相互作用必須要彼此靠的足夠近，最是使用一種雙功能交聯(lián)劑把兩種相互作用的蛋白質(zhì)連接起來，可以在細(xì)胞外進(jìn)行，如果有能夠穿過膜的交聯(lián)劑也可以在細(xì)胞中進(jìn)行--------如果要在細(xì)胞中進(jìn)行，那當(dāng)然就省事多了，最好使用光激活試劑，在誘導(dǎo)你要研究的信號途徑出現(xiàn)時，用特定波長的光照射（比如紫外光）已激活交聯(lián)反應(yīng)，這樣相互作用的蛋白質(zhì)就黏在一起了，之前最好給已知的與基因D相互作用的蛋白質(zhì)加個Label，比如綠色熒光蛋白，這樣就很容易知道誰與該蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用了，并很容易分離出來。如此可以循環(huán)下去，直至建立全部的特定細(xì)胞信號通道。 如果這樣的試劑不好找，那么也可在細(xì)胞外進(jìn)行。在誘導(dǎo)出現(xiàn)特定信號傳導(dǎo)時，冷凍并且粉碎細(xì)胞，然后將細(xì)胞裂解液混入足夠的一起提純的已知的與基因D相互作用的蛋白質(zhì)（簡稱為蛋白質(zhì)X），事先給蛋白質(zhì)X構(gòu)建一種親和標(biāo)簽（比如His6）用電磁攪拌器溫和地在現(xiàn)特定信號傳導(dǎo)時的溫度下攪拌，而后加入一種支鏈氨基酸和EDC（碳二亞胺，催化羧基與氨基形成酰胺鍵），0-4度過夜電磁攪拌器溫和攪拌，第二天走Ni親和層析柱，由His6的蛋白質(zhì)X就被揪出來，而與蛋白質(zhì)X相互作用的蛋白質(zhì)也有不少共價連接上了要與之相互作用的未知的在同一信號通路中的蛋白質(zhì)也就一起就出來了。 【答案】應(yīng)助回帖 加氨基酸的目的是構(gòu)成連接臂，實際上換成一種直鏈的二元羧酸或者直鏈二胺也可以，但是要考慮引起的酸堿環(huán)境對于蛋白質(zhì)構(gòu)象的影響。對于蛋白質(zhì)的Label用GFP太麻煩，也可以只直接用透過膜的有機(jī)染料，比如雙砷染料），事先要在目的蛋白質(zhì)上構(gòu)建出四個Cys，構(gòu)成結(jié)合砷的配位鍵位點，這樣才可保證透過膜的有機(jī)染料的作用位點的專一性。 【答案】應(yīng)助回帖 順便說一句：我是很懶的人，做實驗總是想找到最是的方法，最不情愿高勞動力強(qiáng)度和高耗時的工作了；我的經(jīng)驗：如果一個實驗不是現(xiàn)今條件下完全不可行的實驗（比如不依靠外星人進(jìn)行時光旅行或者不做外星飛碟而立刻去河外星系訪問外星人等 ），那么一般的講，特別復(fù)雜的實驗方案肯定會有簡單可行而且可以發(fā)更高IF的論文的替代方案。 補(bǔ)充一下：釣出來與基因D直接作用的蛋白質(zhì)（假定為蛋白質(zhì)X）的相互作用的為止蛋白質(zhì)（處于要研究的特定信號通路中，假定為蛋白質(zhì)Y），蛋白質(zhì)X與蛋白質(zhì)Y因為直接相互作用在催化劑作用下唄中間臂連接在一起，因為蛋白質(zhì)Y是未知的，所以分離出來蛋白質(zhì)X與蛋白質(zhì)Y的交聯(lián)體后要用酯酶、酰胺酶或化學(xué)試劑將兩者再切開，然后用質(zhì)譜結(jié)合胰蛋白酶有限酶解蛋白質(zhì)Y，再從數(shù)據(jù)庫中搜索之并加以鑒定。 另外，這步也可以用分子印跡法。 再有研究DNA-Protein也可以用ChIP，這是一種共價交聯(lián)方法，是DNA與Protein的共價交聯(lián)。 本來，我最近正好還寫了一篇構(gòu)建細(xì)胞信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)的個人總結(jié)，一下找不到了。  你的問題很新穎，我們以后可以彼此充分交流。  |
4樓2014-04-25 23:26:27
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