 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 850 | 回復(fù): 0 | ||
136zhangpong新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
關(guān)于Amber 的MMPBSA 中的decomposition中的每一項的關(guān)系和意義
|
| 我最近用了一下Amber中的MMPBSA中的decomposition功能 ，這個decomposition可以提供兩種能量分解的信息，一種是把總能量分解為每一個殘基（per）的貢獻(xiàn)，教程里是說每一個殘基對總能量的供獻(xiàn)是通過計算它與系統(tǒng)中每一個殘基相互作用產(chǎn)生的能量再進(jìn)行加和得到的；另一種是把總能量分解為兩兩殘基（pair）之間相互作用產(chǎn)生的能量。我的體系是兩個肽，我計算時把所有的殘基都考慮進(jìn)去了。我計算了一下，把pair中的每一個特定殘基與其它所有殘基作用的能量進(jìn)行加和，發(fā)現(xiàn)的確和per中給出的這些個特定殘基對總能量的供獻(xiàn)非常接近。但我還是對它給出的結(jié)果有些不明白地方，比如在pair中自己和自己作用的這些項中，只給出了polar solvation這一項，而且都是正的。還有就是例如：15號殘基和57號殘基相互作用貢獻(xiàn)的polar solvation能量值為8.496kcal/mol, 但15號和15號自身作用貢獻(xiàn)的polar solvation能量值為1.989kcal/mol, 57號和57號自身作用貢獻(xiàn)的polar solvation 的能量值為：0.114kcal/mol;我的問題是這里給的自身和自身的polar solvation如果是這個殘基對總能量貢獻(xiàn)的polar solvation ，那對于兩兩相互作用的polar solvation 是什么，難道不是它們各自單獨的polar solvation相加得來的嗎，但根據(jù)算出來的結(jié)果，很顯然我的理解是有誤的；我想知道這個自身和自身，以及兩兩相互作用產(chǎn)生的polar solvation是什么樣的組成，又有什么關(guān)系。還望各位不吝賜教，非常感謝。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
上海電力大學(xué)材料防護(hù)與新材料重點實驗室招收調(diào)劑研究生（材料、化學(xué)、電化學(xué)，環(huán)境）
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿武理085500機械專業(yè)總分300求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
考研調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
281求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0805 316求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
085601求調(diào)劑總分293英一數(shù)二
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
08工學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 136zhangpong 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 冬十三 2026-03-24 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二 +5 | leaflight 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料工程348求調(diào)劑 +6 | ￣^￣゜汗 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 奶油草莓. 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 263求調(diào)劑 +6 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研]
求調(diào)劑材料學(xué)碩080500，總分289分
 5+3
|
@taotao 2026-03-19 | 21/1050 |
|
|
|
[考研] 070300，一志愿北航320求調(diào)劑 +3 | Jerry0216 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 289材料與化工（085600）B區(qū)求調(diào)劑 +3 | 這么名字咋樣 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +6 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[基金申請] 山東省面上項目限額評審 +4 | 石瑞0426 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 初試 317 +7 | 半拉月丙 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +3 | 喜歡還是不甘心 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求助 +5 | 夢里的無言 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +5 | 紅衣隱官 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +12 | 梁梁校校 2026-03-19 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +10 | S.H1 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 南京大學(xué)化學(xué)376求調(diào)劑 +3 | hisfailed 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +7 | 司空. 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
|