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136zhangpong新蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于Amber 的MMPBSA 中的decomposition中的每一項的關(guān)系和意義
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| 我最近用了一下Amber中的MMPBSA中的decomposition功能 ，這個decomposition可以提供兩種能量分解的信息，一種是把總能量分解為每一個殘基（per）的貢獻(xiàn)，教程里是說每一個殘基對總能量的供獻(xiàn)是通過計算它與系統(tǒng)中每一個殘基相互作用產(chǎn)生的能量再進(jìn)行加和得到的；另一種是把總能量分解為兩兩殘基（pair）之間相互作用產(chǎn)生的能量。我的體系是兩個肽，我計算時把所有的殘基都考慮進(jìn)去了。我計算了一下，把pair中的每一個特定殘基與其它所有殘基作用的能量進(jìn)行加和，發(fā)現(xiàn)的確和per中給出的這些個特定殘基對總能量的供獻(xiàn)非常接近。但我還是對它給出的結(jié)果有些不明白地方，比如在pair中自己和自己作用的這些項中，只給出了polar solvation這一項，而且都是正的。還有就是例如：15號殘基和57號殘基相互作用貢獻(xiàn)的polar solvation能量值為8.496kcal/mol, 但15號和15號自身作用貢獻(xiàn)的polar solvation能量值為1.989kcal/mol, 57號和57號自身作用貢獻(xiàn)的polar solvation 的能量值為：0.114kcal/mol;我的問題是這里給的自身和自身的polar solvation如果是這個殘基對總能量貢獻(xiàn)的polar solvation ，那對于兩兩相互作用的polar solvation 是什么，難道不是它們各自單獨(dú)的polar solvation相加得來的嗎，但根據(jù)算出來的結(jié)果，很顯然我的理解是有誤的；我想知道這個自身和自身，以及兩兩相互作用產(chǎn)生的polar solvation是什么樣的組成，又有什么關(guān)系。還望各位不吝賜教，非常感謝。 |
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