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板橋霜木蟲 (正式寫手)
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[求助]
求助--Openmpi-1.8集群編譯問題 已有2人參與
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各位大俠，本人純屬菜鳥，最近出于好奇，愛好，興趣。。。。。搞了幾臺臺古董，想自己搭建集群，怎奈基礎不牢，從開始到現(xiàn)在快兩個周了，還沒有成功，廢話不多說，上問題，忘各位不吝賜教。 硬件環(huán)境：1臺浪潮服務器：2個CPU，兩核，Intel Xeon 2.4GHz. 2臺并行機，1個CPU，Pentium D 3.4GHz，1000M交換機。 軟件：redhat linux 6.2，Intel l_fcompcxe_2013_sp1.2.144 & l_ccompcxe_3013_sp1.2.144, Openmpi-1.8，目標是并行編譯安裝vasp5.2，實現(xiàn)并行運算。 目前進行到單機并行編譯VASP，運算沒有問題，但是無法實現(xiàn)集群并行運算。我感覺問題出現(xiàn)在Openmpi上，經(jīng)過我自己的測試，編譯Openmpi用以下指令： ./configure --prefix=/usr/local/openmpi-1.8 FC=/opt/intel/bin/ifort CC=/opt/intel/bin/icc CXX=/opt/intel/bin/cipc make make install 后測試運行hello_c 結果： hello, world, I am 0 of 2,..... hello, world, I am 1 of 2,.... 如果修改openmpi-default-hostfile添加各節(jié)點； LAB-P1 slots=1 LAB-P2 slots=2 運行測試 mpirun hello_c 得到結果如下： bash: orted: command not found bash: orted: command not found 請問各位大俠，是我的openmpi 沒有編譯對嗎？如果是，問題出在哪？我該怎么做？如果不是又該怎么處理呢？ 謝謝！ |
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板橋霜
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歷盡千辛萬苦，并行測試48個原子的體系，優(yōu)化截斷能算到350就完蛋了，古董就是古董，哎。。。。。。。命苦。。。。。。。�；I錢買服務器去。 ENCUT=150 ev running on 12 nodes distr: one band on 1 nodes, 12 groups vasp.5.2.12 26May11 complex POSCAR found type information on POSCAR O Ti POSCAR found : 2 types and 48 ions LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup FFT: planning ...( 1 ) WAVECAR not read entering main loop N E dE d eps ncg rms rms(c) DAV: 1 0.125860090062E+04 0.12586E+04 -0.54010E+04 24288 0.597E+02 DAV: 2 -0.322243701208E+03 -0.15808E+04 -0.15271E+04 29808 0.242E+02 算的超級慢，根本不像12核工作啊。是不是我的系統(tǒng)還有問題？大俠繼續(xù)幫忙指導下啊，謝謝！ |
37樓2014-10-13 11:39:41
mywai520
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【答案】應助回帖
感謝參與，應助指數(shù) +1
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問一句，你的兩臺機器做了共享NFS服務否，還有吉他相關集群設置問題。可以參考一下我以前做搭建做的一些筆記: http://vasp1860.blog.edu.cn/home ... g&id=159741 |
2樓2014-04-27 20:48:58
板橋霜
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3樓2014-04-27 21:49:37
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4樓2014-04-27 21:55:20
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