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板橋霜木蟲 (正式寫手)
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[求助]
求助--Openmpi-1.8集群編譯問題 已有2人參與
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各位大俠，本人純屬菜鳥，最近出于好奇，愛好，興趣。。。。。搞了幾臺臺古董，想自己搭建集群，怎奈基礎(chǔ)不牢，從開始到現(xiàn)在快兩個周了，還沒有成功，廢話不多說，上問題，忘各位不吝賜教。 硬件環(huán)境：1臺浪潮服務(wù)器：2個CPU，兩核，Intel Xeon 2.4GHz. 2臺并行機，1個CPU，Pentium D 3.4GHz，1000M交換機。 軟件：redhat linux 6.2，Intel l_fcompcxe_2013_sp1.2.144 & l_ccompcxe_3013_sp1.2.144, Openmpi-1.8，目標是并行編譯安裝vasp5.2，實現(xiàn)并行運算。 目前進行到單機并行編譯VASP，運算沒有問題，但是無法實現(xiàn)集群并行運算。我感覺問題出現(xiàn)在Openmpi上，經(jīng)過我自己的測試，編譯Openmpi用以下指令： ./configure --prefix=/usr/local/openmpi-1.8 FC=/opt/intel/bin/ifort CC=/opt/intel/bin/icc CXX=/opt/intel/bin/cipc make make install 后測試運行hello_c 結(jié)果： hello, world, I am 0 of 2,..... hello, world, I am 1 of 2,.... 如果修改openmpi-default-hostfile添加各節(jié)點； LAB-P1 slots=1 LAB-P2 slots=2 運行測試 mpirun hello_c 得到結(jié)果如下： bash: orted: command not found bash: orted: command not found 請問各位大俠，是我的openmpi 沒有編譯對嗎？如果是，問題出在哪？我該怎么做？如果不是又該怎么處理呢？ 謝謝！ |
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 VASP and MS |
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mywai520
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mpi并行軟件有幾種：mpich2 mpich openmpi intel-mpi Hp-mpi 但是基本都是一樣，只是開發(fā)者不同而已。現(xiàn)在多用openmpi，因為是開源的。但是跟mipch或者mpich2區(qū)別不大，其實根本就沒有區(qū)別。都是mpi,用來做并行計算的代碼。 你現(xiàn)在的問題，不是集群裝個MPI就能并行了。需要設(shè)置磁盤共享，網(wǎng)絡(luò)共享，數(shù)據(jù)同步等相關(guān)服務(wù)。裝mpi只是給你提供一個并行服務(wù)，并不能在沒有前面相關(guān)支持下就能兩臺不相干的機器就能并行。 |
7樓2014-04-27 22:26:12
mywai520
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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問一句，你的兩臺機器做了共享NFS服務(wù)否，還有吉他相關(guān)集群設(shè)置問題。可以參考一下我以前做搭建做的一些筆記: http://vasp1860.blog.edu.cn/home ... g&id=159741 |
2樓2014-04-27 20:48:58
板橋霜
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3樓2014-04-27 21:49:37
板橋霜
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4樓2014-04-27 21:55:20
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