 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4678 | 回復(fù): 6 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
yuehedou木蟲 (小有名氣)
|
[求助]
miRNA差異表達(dá)分析時(shí)reads數(shù)目的校準(zhǔn)（TPM）問題
|
||
|
在做miRNA的差異表達(dá)分析時(shí)，很多文章里都要使用TPM（Transcripts per million，公式為：單一miRNA reads數(shù)×10^6/總reads數(shù)）來校準(zhǔn)miRNA的表達(dá)量，這樣做是為了去除pcr擴(kuò)增文庫時(shí)的偏倚嗎？ 然后，如果使用TPM進(jìn)行校準(zhǔn)，那也會產(chǎn)生另外的差異啊我覺得，舉個(gè)極端的例子：樣品A中實(shí)際總共表達(dá)了10個(gè)reads，其中miR1表達(dá)了2個(gè)；樣品B總共表達(dá)了100個(gè)reads，其中miR1表達(dá)了20個(gè)，——實(shí)際上在兩個(gè)樣品中miR1是顯著差異表達(dá)的，但經(jīng)TPM校準(zhǔn)后，兩個(gè)樣品中其表達(dá)量就都成了20 000，就一樣了么，那么校準(zhǔn)豈不是產(chǎn)生了原來沒有的錯(cuò)誤？？ 我覺得miRNA是短序列，不存在轉(zhuǎn)錄組中序列片段長短的問題，那么直接使用reads的count作為其相應(yīng)miRNA的表達(dá)量豈不是更好？ 歡迎討論！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 miRNA測序數(shù)據(jù)分析 |
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有291人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
邵陽學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- Illumina高通量RNA測序數(shù)據(jù)分析中不同標(biāo)準(zhǔn)化方法的綜合比較
已經(jīng)有6人回復(fù)
yuehedou
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 2171.4
- 紅花: 2
- 帖子: 215
- 在線: 190.5小時(shí)
- 蟲號: 1996646
- 注冊: 2012-09-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
|
我覺得total mapping reads的數(shù)目不一樣才是正常的，因?yàn)槭遣煌瑯悠贰?fieldset> 你說的實(shí)際應(yīng)該是指細(xì)胞內(nèi)真正表達(dá)的數(shù)量吧…… 我說的是實(shí)際表達(dá)量。我認(rèn)為只要能控制建庫均勻度、測序深度，那得到的數(shù)據(jù)反映的應(yīng)該就是實(shí)際表達(dá)豐度，即使這種反映是將原來的表達(dá)量以一種集體相對的方式表現(xiàn)出來，例如將實(shí)際的表達(dá)量整體放大。因?yàn)閷?shí)際總體和單個(gè)的表達(dá)量就不一致，在測序深度同樣為10的情況下，樣品A中miR1表達(dá)了1，放大10倍就測得了10；B中miR1表達(dá)了10，放大10倍就成了100. 那我們后邊又進(jìn)行校準(zhǔn)，就人為地抹掉了這種差異——實(shí)際上它們卻是有顯著差異的。 |
3樓2014-05-06 11:53:03
myibm369
木蟲 (正式寫手)
~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 3127.1
- 紅花: 2
- 帖子: 457
- 在線: 113.8小時(shí)
- 蟲號: 86473
- 注冊: 2005-08-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
yuehedou: 金幣+18, ★★★★★最佳答案, 非常給力！ 2014-05-06 15:10:14
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
yuehedou: 金幣+18, ★★★★★最佳答案, 非常給力！ 2014-05-06 15:10:14
|
這其實(shí)是個(gè)normalization的過程，因?yàn)榧偃缒阌卸鄠�(gè)樣品（》=2），測序得到的total mapping reads的數(shù)目是不一樣的，大家必須normalize到同一個(gè)水平才方便比較。 你說的實(shí)際應(yīng)該是指細(xì)胞內(nèi)真正表達(dá)的數(shù)量吧，但是實(shí)際上通過測序你是拿不到真正意義上的絕對表達(dá)量，只是一個(gè)相對的表達(dá)量。我們在進(jìn)行2個(gè)或者多個(gè)樣品genes或者miRNA表達(dá)差異分析比較的時(shí)候，是默認(rèn)總體RNA表達(dá)的一樣多的。簡單來說就是你例子中sample A和B的RNA總量是一致的，不過A測序測到了10個(gè)reads，B測序測的比較多，拿到了100個(gè)reads，如果A也達(dá)到B的測序深度，其實(shí)miR1也就是20個(gè)reads，表達(dá)量是一致的。 不知道你明白否 |
2樓2014-05-06 09:24:15
myibm369
木蟲 (正式寫手)
~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 3127.1
- 紅花: 2
- 帖子: 457
- 在線: 113.8小時(shí)
- 蟲號: 86473
- 注冊: 2005-08-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
|
其實(shí)你假設(shè)下就知道了，上機(jī)測序的total miRNA量 A為10ng其中miR1有1ng，B為10ng其中miRNA1有0.1ng，那么你最后測序得到的結(jié)果比例還是這樣的，A中miR1為10%，B中miR1為1%，都normalization到100，那么A的miR1是10，B的是1。 <quote>在測序深度同樣為10的情況下，樣品A中miR1表達(dá)了1，放大10倍就測得了10；B中miR1表達(dá)了10，放大10倍就成了100. 那我們后邊又進(jìn)行校準(zhǔn)，就人為地抹掉了這種差異——實(shí)際上它們卻是有顯著差異的。</quote> 校準(zhǔn)還是10：100哦，是有差異的啊。 |
4樓2014-05-06 12:13:49
yuehedou
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 2171.4
- 紅花: 2
- 帖子: 215
- 在線: 190.5小時(shí)
- 蟲號: 1996646
- 注冊: 2012-09-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
5樓2014-05-06 15:09:26
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | 家佳佳佳佳佳 2026-03-29 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分 +5 | Shern—- 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[碩博家園] 求調(diào)劑 有機(jī)化學(xué)考研356分 +4 | Nadiums 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +5 | BrightLL 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +4 | 種圣賜 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分，求調(diào)劑 +5 | 0857求調(diào)劑. 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8 | 邱gl 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑一志愿哈工大324 +7 | 閆旭東 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085404求調(diào)劑，總分309，本科經(jīng)歷較為豐富 +4 | 來財(cái)aa 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿上海理工能源動力（085800）310分求調(diào)劑 +3 | zhangmingc 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +5 | Pigcasso 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 李嘉圖·S·路 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 342求調(diào)劑 +3 | 加油a李zs 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑 +7 | 青檸檬1 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +4 | 柚柚yoyo 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 崔wj 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程 317求調(diào)劑 +4 | JKSOIID 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 324 +4 | Promise-jyl 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 085404電子信息284分求調(diào)劑
+4
|
13659058978 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 開開心心沒煩惱 2026-03-23 | 4/200 |
|