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paopaotu326金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
電荷密度圖缺少原子 已有2人參與
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大家好，我是新手，最近在學(xué)習(xí)電荷密度圖和差分電荷密度圖的做法，我根據(jù)學(xué)習(xí)的結(jié)果，得出兩個(gè)結(jié)論： （1）電荷密度圖，就是對(duì)于一個(gè)分子AB2，進(jìn)行靜態(tài)自洽計(jì)算后，得到CHGCAR文件，然后直接作圖，得到電荷密度圖； （2）差分電荷密度圖，就是對(duì)這個(gè)分子構(gòu)成的元素A和B，分別計(jì)算其CHGCAR后，得到CHGCAR1和CHGCAR2，用（1）得到的電荷密度，減去CHGCAR1和CHGCAR2*2，就是差分密度了。 不知分析對(duì)否？請(qǐng)大家?guī)椭恕?br /> 如果正確，問(wèn)題來(lái)了，大家看我下面的圖1，是SnO2的電荷密度圖，為什么小的O原子都有顯示出計(jì)算的電荷密度分布，而大原子的Sn為什么沒(méi)有顯示出來(lái)？我用vesta來(lái)取截面，結(jié)果一樣，只顯示O原子，沒(méi)有Sn原子，可圖2上清楚看出來(lái)，Sn原子和氧原子在（1 -1 0）面上是共面的，圖3中卻少了Sn原子的電荷密度？ 百思不得其解，是不是計(jì)算的時(shí)候哪里設(shè)置不對(duì)？還是我對(duì)電荷密度圖的理解有差？ 請(qǐng)大家?guī)兔Π�！多謝了！ 圖1.jpg 圖2.jpg 圖3.jpg |
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【答案】應(yīng)助回帖
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paopaotu326: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-05-06 09:29:37
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你的理解是正確的，糾正一點(diǎn)：你做的是電荷密度差。 在你的電荷密度文件中，金屬原子周?chē)鷽](méi)有電荷分布，這是正常的。因?yàn)槟氵@個(gè)是離子化合物。電子都跑到O周?chē)チ�，那么電子云的分布就�?huì)出現(xiàn)你現(xiàn)在的情況。若是你想看到更細(xì)致一些的分布，就把ISO的值小一些，可以調(diào)到你滿意為止。 |
2樓2014-05-05 20:21:55
paopaotu326
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首先謝謝樓上，我有點(diǎn)明白了，但還是沒(méi)有徹底明白，繼續(xù)向您請(qǐng)教： （1）您說(shuō)我做得是“電荷密度差”？不是太明白啊。 （2）ISO的值是指哪個(gè)軟件？做這個(gè)的軟件太多了？ （3）我做了摻雜其它金屬的結(jié)構(gòu)，就可以清楚地看到它的電荷密度了，您看下圖： 完蛋，這下沒(méi)有辦法傳圖了，反正就是我用一個(gè)Pd原子取代了一個(gè)Sn原子，就可以作出來(lái)相應(yīng)的電荷密度圖了。這是不是意味著取代Sn的Pd原子沒(méi)有失去4個(gè)電子，周?chē)�有電子，所以才能看到它周?chē)须姾煞植迹?br /> 話說(shuō)，發(fā)表新帖的時(shí)候，底下可以貼上圖片附件，現(xiàn)在回復(fù)就沒(méi)有這個(gè)按鈕啦，管理員出來(lái)幫忙下？嘿嘿：） |
3樓2014-05-06 07:51:24
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http://pan.baidu.com/s/1mgukIIs 這個(gè)是剛剛學(xué)著弄的百度網(wǎng)盤(pán)的公開(kāi)鏈接，也不知能不能dai'k打開(kāi)呢，就是上面的圖4 |
4樓2014-05-06 07:54:49
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5樓2014-05-06 08:05:53
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【答案】應(yīng)助回帖
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電荷密度差分兩種：你做的是差分電荷密度圖，^_^！��！你也可以看出來(lái)是三個(gè)電荷密度的差，若是二次差分，那就不一樣了。不好意思，你的說(shuō)法沒(méi)錯(cuò)，但是容易產(chǎn)生理解上的問(wèn)題。這個(gè)問(wèn)題不糾正了，只要理解就好了，你的理解是正確的。 ISO面指的就是你的電荷密度的電子云分布圖。這個(gè)值的大小是可以調(diào)的，并且文獻(xiàn)中都會(huì)給出這個(gè)值的參考大小。值越小，那么電荷密度顯示的范圍越大。 你做了參雜，電荷已經(jīng)轉(zhuǎn)移 |
6樓2014-05-06 08:20:51
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我暈了，您看我在論壇里查到的描述： VASP與電荷密度差 一般分為：差分電荷密度圖(deformation charge density)，二次差分電荷密度圖(difference charge density) 兩者的區(qū)別有很多種說(shuō)法，其中一種定義認(rèn)為： 差分電荷定義為成鍵后的電荷密度與對(duì)應(yīng)的點(diǎn)的原子電荷密度之差。通過(guò)差分電荷密度的計(jì)算和分析，可以清楚地得到在成鍵和成鍵電子耦合過(guò)程中的電荷移動(dòng)以及成鍵極化方向等性質(zhì)。 “二次”是指同一個(gè)體系化學(xué)成分或者幾何構(gòu)型改變之后電荷的重新分布。 |
8樓2014-05-06 09:05:37
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