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paopaotu326金蟲 (正式寫手)
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[求助]
電荷密度圖缺少原子 已有2人參與
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大家好，我是新手，最近在學(xué)習(xí)電荷密度圖和差分電荷密度圖的做法，我根據(jù)學(xué)習(xí)的結(jié)果，得出兩個(gè)結(jié)論： （1）電荷密度圖，就是對(duì)于一個(gè)分子AB2，進(jìn)行靜態(tài)自洽計(jì)算后，得到CHGCAR文件，然后直接作圖，得到電荷密度圖； （2）差分電荷密度圖，就是對(duì)這個(gè)分子構(gòu)成的元素A和B，分別計(jì)算其CHGCAR后，得到CHGCAR1和CHGCAR2，用（1）得到的電荷密度，減去CHGCAR1和CHGCAR2*2，就是差分密度了。 不知分析對(duì)否？請(qǐng)大家?guī)椭恕?br /> 如果正確，問題來了，大家看我下面的圖1，是SnO2的電荷密度圖，為什么小的O原子都有顯示出計(jì)算的電荷密度分布，而大原子的Sn為什么沒有顯示出來？我用vesta來取截面，結(jié)果一樣，只顯示O原子，沒有Sn原子，可圖2上清楚看出來，Sn原子和氧原子在（1 -1 0）面上是共面的，圖3中卻少了Sn原子的電荷密度？ 百思不得其解，是不是計(jì)算的時(shí)候哪里設(shè)置不對(duì)？還是我對(duì)電荷密度圖的理解有差？ 請(qǐng)大家?guī)兔Π�！多謝了！ 圖1.jpg 圖2.jpg 圖3.jpg |
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paopaotu326
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我暈了，您看我在論壇里查到的描述： VASP與電荷密度差 一般分為：差分電荷密度圖(deformation charge density)，二次差分電荷密度圖(difference charge density) 兩者的區(qū)別有很多種說法，其中一種定義認(rèn)為： 差分電荷定義為成鍵后的電荷密度與對(duì)應(yīng)的點(diǎn)的原子電荷密度之差。通過差分電荷密度的計(jì)算和分析，可以清楚地得到在成鍵和成鍵電子耦合過程中的電荷移動(dòng)以及成鍵極化方向等性質(zhì)。 “二次”是指同一個(gè)體系化學(xué)成分或者幾何構(gòu)型改變之后電荷的重新分布。 |
8樓2014-05-06 09:05:37
mywai520
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-05-05 23:20:22
paopaotu326: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-05-06 09:29:37
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paopaotu326: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-05-06 09:29:37
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你的理解是正確的，糾正一點(diǎn)：你做的是電荷密度差。 在你的電荷密度文件中，金屬原子周圍沒有電荷分布，這是正常的。因?yàn)槟氵@個(gè)是離子化合物。電子都跑到O周圍去了，那么電子云的分布就會(huì)出現(xiàn)你現(xiàn)在的情況。若是你想看到更細(xì)致一些的分布，就把ISO的值小一些，可以調(diào)到你滿意為止。 |
2樓2014-05-05 20:21:55
paopaotu326
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首先謝謝樓上，我有點(diǎn)明白了，但還是沒有徹底明白，繼續(xù)向您請(qǐng)教： （1）您說我做得是“電荷密度差”？不是太明白啊。 （2）ISO的值是指哪個(gè)軟件？做這個(gè)的軟件太多了？ （3）我做了摻雜其它金屬的結(jié)構(gòu)，就可以清楚地看到它的電荷密度了，您看下圖： 完蛋，這下沒有辦法傳圖了，反正就是我用一個(gè)Pd原子取代了一個(gè)Sn原子，就可以作出來相應(yīng)的電荷密度圖了。這是不是意味著取代Sn的Pd原子沒有失去4個(gè)電子，周圍還有電子，所以才能看到它周圍有電荷分布？ 話說，發(fā)表新帖的時(shí)候，底下可以貼上圖片附件，現(xiàn)在回復(fù)就沒有這個(gè)按鈕啦，管理員出來幫忙下？嘿嘿：） |
3樓2014-05-06 07:51:24
paopaotu326
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http://pan.baidu.com/s/1mgukIIs 這個(gè)是剛剛學(xué)著弄的百度網(wǎng)盤的公開鏈接，也不知能不能dai'k打開呢，就是上面的圖4 |
4樓2014-05-06 07:54:49
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