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yangyan19890新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
相互作用推測(cè)復(fù)合物的問(wèn)題
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我想通過(guò)Gaussian,計(jì)算A+B-----A-B的△E，來(lái)看A與B在體系中能否結(jié)合，結(jié)合能有多大； 目前是這樣算的：將A、B分別進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化，然后將優(yōu)化完的A、B通過(guò)一定的方式擺放在一塊并手動(dòng)連鍵形成A和B的復(fù)合物A-B，對(duì)其進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化，然后E(A-B)-E(A)-E(B),算出結(jié)合能為負(fù)即說(shuō)明A、B在該體系中可以自發(fā)絡(luò)合成A-B，片段和復(fù)合物優(yōu)化時(shí)輸入文件中均加上溶劑效應(yīng)命令。 問(wèn)題：1、以上做法是否合理，能夠簡(jiǎn)單地通過(guò)上述方法推測(cè)A、B的復(fù)合情況嗎 2、（1）我在將優(yōu)化好的A、B往一塊連接時(shí)，一般是以不改變A、B片斷結(jié)構(gòu)為原則，僅僅是將兩者放一塊，但有時(shí)由于優(yōu)化好的片段結(jié)構(gòu)中有些基團(tuán)的朝向構(gòu)成位阻，影響兩者的連接，按前面的方法擺放，優(yōu)化結(jié)束后兩個(gè)片斷遠(yuǎn)離或結(jié)構(gòu)很不合理；（2）將構(gòu)成位阻的基團(tuán)稍微轉(zhuǎn)動(dòng)（這樣就破壞了原來(lái)優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)），再將兩者連接，這樣優(yōu)化結(jié)束是可以形成A-B的，但總感覺(jué)這樣不合理。前面所述（1）、（2），哪個(gè)方法合理呢 請(qǐng)懂這方面的大俠賜教，謝謝！ |
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