 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 5583 | 回復(fù): 15 | ||||||
[交流]
NAMD自學(xué)筆記：psf文件的生成以及conf文件的參數(shù)設(shè)定 已有12人參與
|
||||||
|
NAMD自學(xué)筆記 一、NAMD中psf文件的生成 最近需要用到NAMD做一些分子模擬，主要是自己的蛋白結(jié)構(gòu)的動(dòng)力學(xué)模擬。當(dāng)時(shí)看了NAMD官網(wǎng)上的tutorial，但還是有些東西不是很清楚，經(jīng)過(guò)多次嘗試和請(qǐng)教本站的大俠們終于有所認(rèn)識(shí)，在此將一些目前教程中沒(méi)有涉及的內(nèi)容整理一下，期望給廣大象我這樣的初學(xué)者以幫助。 這里我們先說(shuō)psf文件的生成： 通常pdb文件中包含水分子，教程上只是將蛋白提出來(lái)，而如果有其他金屬離子則按教程的做法這些離子將不再包含在pdb文件中，所有第一步要仔細(xì)檢查自己的目標(biāo)蛋白文件。 我的做法： 1、先用別的軟件將pdb文件中的水去掉。如果存在金屬離子為單獨(dú)的一條鏈，將金屬離子合并到蛋白鏈，并修改其原子序號(hào)。 2、檢查pdb文件中是否有非天然氨基酸：我的pdb文件中有幾個(gè)MSE，先將其改為MET。 3、金屬離子的立場(chǎng)文件中命名和常用的pdb文件不同：比如Ca在NAMD自帶的tutorial的立場(chǎng)文件top_all27_prot_lipid.inp中為CAL，因此將vi修改pdb文件中的CA變?yōu)镃AL。只用空格，pdb文件中各列的值有空格分隔，其詳細(xì)格式請(qǐng)看http://blog.163.com/nm_myc_1013/ ... 455201331842724812/。 4、搞定pdb文件后，修改下教程中的pgn文件， package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD segment U {pdb ubqp.pdb} coordpdb ubqp.pdb U guesscoord writepdb ubq.pdb writepsf ubq.psf 這里的ubqp 及輸出的ubq改為自己的文件。 注意中文的教程里面： “topology top all27_prot_lipid.inp”這一行有錯(cuò)誤，應(yīng)該是topology top_all27_prot_lipid.inp。立場(chǎng)文件名有錯(cuò)誤，（小生一開(kāi)始沒(méi)發(fā)現(xiàn)，整了好多次才注意到）。 Source name.pgn 生成所需的pdb及psf文件。 如果錯(cuò)誤可能是工作目錄不對(duì)，請(qǐng)CD到對(duì)應(yīng)目錄再重新運(yùn)行。 這里順便提一下NAMD的安裝和編譯，在下載NAMD的時(shí)候有個(gè)安裝教程里面的東西很多，試著按照那個(gè)readme安裝，老出現(xiàn)錯(cuò)誤，后來(lái)發(fā)現(xiàn)里面有個(gè)smart-install.pl(忘了可能是smart-config.pl)可以根據(jù)提示進(jìn)行charmm的安裝和編譯。其他按說(shuō)明來(lái)就可以。 二、蛋白的溶劑化及相關(guān)conf文件的參數(shù)設(shè)定。 這里我們主要講water box 按照NAMD提供的教程生成蛋白的溶劑化模型。得到protein_wb.pdb以及protein_wb.psf。 然后確定次立方體系的邊長(zhǎng) a b c以及中心xyz坐標(biāo)。 根據(jù)教程來(lái)就可以 set everyone [atomselect top all] measure minmax $everyone measure center $everyone 邊長(zhǎng)有xyz坐標(biāo)的最大值和最小值計(jì)算得到。 比如我的系統(tǒng)中 邊長(zhǎng)分別為 73.1 69.1 72.2 這個(gè)邊長(zhǎng)在conf文中用到，這里是我的理解： 在conf文件中下面部分的參數(shù)用到： # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 74.0 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 70.0 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 73.0 cellOrigin 24.3 59.8 32.6 其中 cellBasisVector123的值應(yīng)該比3個(gè)邊長(zhǎng)稍大一點(diǎn)就可以。不知道自己的理解是否正確，但可以運(yùn)行，且結(jié)果也可以。 蛋白溶劑化后可以添加對(duì)抗離子，采用VMD-Extention-modeling-add ions 添加0.145mol/L的 NaCl。 后面附conf文件一些參數(shù)的說(shuō)明和修改情況： # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 #這個(gè)后面3個(gè)參數(shù)改大一些可以節(jié)省計(jì)算時(shí)間，但是我嘗試了一下修改為100 200 1000是發(fā)生錯(cuò)誤，后來(lái)一想干脆就安教程中的數(shù)據(jù)來(lái)。可能改為10 20 100可以，但后面最小化的步驟必學(xué)是stepspercycle 的整數(shù)倍。 # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 75 #PMEGridSizeY 72 #PMEGridSizeZ 75 這里的自定義PMEGrid的大小，教程中說(shuō)這三個(gè)數(shù)的值最好是2,3,5的指數(shù)倍。不是很懂，干脆就不自己定義了。 # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 這里輸出頻率問(wèn)題很多：按照這個(gè)數(shù)值輸出文件尤其是.dcd文件很大，想改一下跑5ns將這些值改為10000，但結(jié)果中蛋白各原子的位置出現(xiàn)錯(cuò)誤，好像就是立場(chǎng)錯(cuò)誤的樣子。將其值改為1000后結(jié)果正常。 ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 1000 #最小化步驟自己寫(xiě)了3000但發(fā)現(xiàn)好只跑到1100多就停止了后面的動(dòng)力學(xué)模擬就不跑了。改為1000后正常。 reinitvels $temperature run 2500000 ;# 5ns 三、中斷的NAMD如何續(xù)跑： 修改.conf ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../MD/tse_ion.psf coordinates ../MD/tse_ion.pdb set previou tse_ion_eq #添加的內(nèi)容 set current tse_ion_rest #添加的內(nèi)容 這2個(gè)可能并不需要 set temperature 310 set outputname tse_ion_rest #重新計(jì)算后輸出到新的文件中 bincoordinates ../MD/tse_ion_eq.restart.coor binvelocities ../MD/tse_ion_eq.restart.vel extendedSystem ../MD/tse_ion_eq.restart.xsc #上面3條為需要添加參數(shù)。 firsttimestep 301000 #restart from 301000 step ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../MD/par_all27_prot_lipid.inp # temperature $temperature 溫度不需要這里需要注釋掉即前面加個(gè)#號(hào)。 ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization # minimize 1000 # reinitvels $temperature 最小化也不需要 這2個(gè)參數(shù)都加上# run 2500000 ;# 5ns 現(xiàn)在我用的和遇到的就這么多。現(xiàn)在基本上可以進(jìn)行NAMD的動(dòng)力學(xué)模擬了，期望這些能讓一些人少走一些彎路。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專(zhuān)輯推薦
 科研之寶，所向披靡 | MD simulation | NAMD |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
yoghurt117» 猜你喜歡
303求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
有沒(méi)有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
梁成偉老師課題組歡迎你的加入
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專(zhuān)碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國(guó)獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專(zhuān)利一項(xiàng)省級(jí)立項(xiàng)
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專(zhuān)業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
290求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- NAMD跨膜環(huán)肽管求助，Periodic cell has become too small for original patch grid!
已經(jīng)有7人回復(fù)
- NAMD安裝中的nanotubes.conf文件如何編寫(xiě)
已經(jīng)有3人回復(fù)
- NAMD分子體系平衡和分子動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有10人回復(fù)
- topol文件不識(shí)別小分子
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】在NAMD運(yùn)行中使用CHARMM格式的力場(chǎng)文件，但力場(chǎng)參數(shù)來(lái)自AMBER力場(chǎng)，會(huì)出問(wèn)題?/a>
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】namd 出錯(cuò)Periodic cell has become too small for original patch grid!
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】只是優(yōu)化后文件，沒(méi)有restart文件，能繼續(xù)跑嗎
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】有人模擬過(guò)電泳嗎
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】namd和vmd就只能識(shí)別.pdb.psf.coor.vel等文件嗎
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】NAMD安裝問(wèn)題
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【在線(xiàn)答疑】關(guān)于NAMD/VMD
已經(jīng)有210人回復(fù)
蘭S水晶
銀蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 570.7
- 散金: 5
- 帖子: 122
- 在線(xiàn): 226.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2584828
- 注冊(cè): 2013-08-07
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2014-07-28 07:14:10
?}果
銀蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 365.5
- 散金: 33
- 帖子: 70
- 在線(xiàn): 44.7小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3671519
- 注冊(cè): 2015-01-30
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 化學(xué)動(dòng)力學(xué)
11樓2018-04-20 15:53:51
| 感謝分享 |
2樓2014-07-27 15:55:43
 |
4樓2014-08-20 10:19:27
1002120107
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1.7
- 帖子: 3
- 在線(xiàn): 4.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2770927
- 注冊(cè): 2013-11-01
5樓2015-03-25 20:01:43
yoghurt117
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 8018.3
- 散金: 56
- 紅花: 8
- 帖子: 576
- 在線(xiàn): 134.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 761174
- 注冊(cè): 2009-05-01
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
6樓2016-07-30 09:16:48
zhangduo2016
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1759.8
- 散金: 50
- 紅花: 1
- 帖子: 328
- 在線(xiàn): 65.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 4479337
- 注冊(cè): 2016-03-08
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
7樓2017-01-25 11:16:29
zhaojingzsx
金蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 808
- 帖子: 20
- 在線(xiàn): 13.7小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2052302
- 注冊(cè): 2012-10-10
- 專(zhuān)業(yè): 馬克思主義其他學(xué)科
8樓2017-05-09 16:25:30
你好哈-
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2649.9
- 散金: 13
- 紅花: 3
- 帖子: 127
- 在線(xiàn): 78.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3023909
- 注冊(cè): 2014-03-06
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
|
請(qǐng)問(wèn)力場(chǎng)中不存在的金屬如何構(gòu)建立場(chǎng) 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
9樓2017-12-29 23:49:52
zhouziyun
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1.5
- 帖子: 1
- 在線(xiàn): 1.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 4639331
- 注冊(cè): 2016-04-28
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 生物信息學(xué)
★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
|
請(qǐng)問(wèn)續(xù)跑時(shí)候，總步數(shù)是不是要減去之前跑的步數(shù)？ 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
10樓2018-01-30 00:42:19
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 supertype 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自動(dòng)化所實(shí)習(xí) +6 | Losir 2026-03-12 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 267一志愿南京工業(yè)大學(xué)0817化工求調(diào)劑 +6 | SUICHILD 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +8 | 負(fù)心者當(dāng)誅 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
[考研] 一志愿，福州大學(xué)材料專(zhuān)碩339分求調(diào)劑 +3 | 木子momo青爭(zhēng) 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0854控制工程 359求調(diào)劑 可跨專(zhuān)業(yè) +3 | 626776879 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑0703 +8 | 啊我我的 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +6 | 大可digkids 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070305求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5 | 指尖八千里 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +4 | 學(xué)員97LZgn 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料工程,326分，求調(diào)劑 +6 | KRSLSR 2026-03-10 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0805，333求調(diào)劑 +3 | 112253525 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703，333分求調(diào)劑 一志愿鄭州大學(xué)-物理化學(xué) +3 | 李魔女斗篷 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求材料調(diào)劑 +5 | 隔壁陳先生 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料科學(xué)與工程/總分295/求收留 +9 | 2026調(diào)劑俠 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0817化學(xué)工程與技術(shù)考研312分調(diào)劑 +3 | T123 tt 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑，材料、化工皆可 +8 | 蘇打水7777 2026-03-11 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | 柯淮然 2026-03-10 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +3 | 莫xiao 2026-03-10 | 4/200 |
|