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吹不成調(diào)鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
在不知道目標片段大小的情況下如何判斷SSR目標片段 已有1人參與
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RT：現(xiàn)在有一些SSR引物，但是不知道擴增后目標片段的大小，采用的Touch Down PCR進行擴增，然后跑變性PAGE膠，用于構(gòu)建遺傳圖譜。 （1）我知道有一個方法是將該引物進行Blast,看目標產(chǎn)物的大小，但是具體怎么比對不清楚。請問具體該如何比對呢？ （2）在不比對的情況下有什么辦法可以知道目標片段的大小呢？ （3）PAGE凝膠電泳以后，出現(xiàn)很多非特異性條帶，目標條帶處無差異，但是非目標條帶出處有明顯差異并且后代出現(xiàn)分離，這種差異可以統(tǒng)計進去用于構(gòu)建遺傳圖譜嗎？ 第一次問問題，跪求大神們指點 |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
吹不成調(diào)(myprayer代發(fā)): 金幣+2, 贈人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-07 18:25:20
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1、其實是利用那段引物序列（20bp左右）做blast，對比ncbi數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)，找出對應(yīng)的那段序列，就可以知道長度了啊，但是對于那種研究較少的物種就不適用了。 2、不過既然知道SSR引物，那你的引物序列從哪里來的，查文獻或者來源網(wǎng)站，也就知道了。 3、這種情況是可以的，可能是擴增到了其他位點，也可能是你設(shè)計的引物本身就不對，比如垮了內(nèi)含子區(qū)等。 4、最后一條，都什么年代了，還用PAGE，用熒光引物吧，具體怎么做可以查文獻。你這個情況做熒光要用M13-tail的方法，不然花費太大了，用這個方法可以降低最少十幾倍的花費，但是結(jié)果卻是影響不大。 |
2樓2014-05-07 17:37:45
吹不成調(diào)
鐵蟲 (初入文壇)
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3樓2014-05-14 20:39:31
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