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lujunyan1118金蟲 (小有名氣)
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[求助]
用高斯QM/MM算頻率和QST3 已有2人參與
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各位大蝦，小弟有個問題。 我想用高斯的QM/MM算一個反應(yīng)，高層大約100個原子，低層約500個殘基。 高層用B3LYP/6-31G*。 我優(yōu)化了反應(yīng)物和產(chǎn)物，并猜測了一個過渡態(tài)，想用QST3找過渡態(tài)。但是算的時候總是說內(nèi)存不夠，需要3506MW�？呻娔X沒這么多內(nèi)存。為何QST3要如此之大的內(nèi)存？我減少低層的殘基有效嗎？ 另外，用QM/MM算頻率的時候也經(jīng)常說內(nèi)存不夠，但是只用QM時不會出現(xiàn)這個問題。 是不是QM/MM的時候，低層的頻率也計算了呢？能否讓高斯只計算高層的頻率？ 謝謝各位！  |
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lujunyan1118
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2樓2014-05-23 16:23:48
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lujunyan1118: 金幣+50, ★★★很有幫助 2014-05-28 17:57:51
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一般也就用QM/MM算大分子體系核心體系構(gòu)型； 不知道你的計算命令具體設(shè)置，如果用dft/AMBER肯定算不了，計算量過大。 可以參考紐約大學(xué)Yingkai Zhang，他們組做地比較有心得 |
3樓2014-05-24 11:31:19
lujunyan1118
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4樓2014-05-26 09:11:05
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低層設(shè)得太大了，尤其是算頻率，這極其困難。頻率是極其耗時也是相當(dāng)耗內(nèi)存的。 高層也偏大，只需要把關(guān)鍵性的原子包含就夠了，而低層把外面與之相接的一層殘基包含進去也就夠了，不要把整個蛋白都當(dāng)成低層。 |
5樓2014-05-26 11:37:37
lujunyan1118
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6樓2014-05-27 12:16:38
sobereva
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7樓2014-05-27 12:29:06
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8樓2014-05-27 14:24:30
sobereva
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