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lujunyan1118金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
用高斯QM/MM算頻率和QST3 已有2人參與
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各位大蝦，小弟有個(gè)問(wèn)題。 我想用高斯的QM/MM算一個(gè)反應(yīng)，高層大約100個(gè)原子，低層約500個(gè)殘基。 高層用B3LYP/6-31G*。 我優(yōu)化了反應(yīng)物和產(chǎn)物，并猜測(cè)了一個(gè)過(guò)渡態(tài)，想用QST3找過(guò)渡態(tài)。但是算的時(shí)候總是說(shuō)內(nèi)存不夠，需要3506MW。可電腦沒(méi)這么多內(nèi)存。為何QST3要如此之大的內(nèi)存？我減少低層的殘基有效嗎？ 另外，用QM/MM算頻率的時(shí)候也經(jīng)常說(shuō)內(nèi)存不夠，但是只用QM時(shí)不會(huì)出現(xiàn)這個(gè)問(wèn)題。 是不是QM/MM的時(shí)候，低層的頻率也計(jì)算了呢？能否讓高斯只計(jì)算高層的頻率？ 謝謝各位！  |
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lujunyan1118
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2樓2014-05-23 16:23:48
【答案】應(yīng)助回帖
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一般也就用QM/MM算大分子體系核心體系構(gòu)型； 不知道你的計(jì)算命令具體設(shè)置，如果用dft/AMBER肯定算不了，計(jì)算量過(guò)大。 可以參考紐約大學(xué)Yingkai Zhang，他們組做地比較有心得 |
3樓2014-05-24 11:31:19
lujunyan1118
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4樓2014-05-26 09:11:05
sobereva
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【答案】應(yīng)助回帖
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低層設(shè)得太大了，尤其是算頻率，這極其困難。頻率是極其耗時(shí)也是相當(dāng)耗內(nèi)存的。 高層也偏大，只需要把關(guān)鍵性的原子包含就夠了，而低層把外面與之相接的一層殘基包含進(jìn)去也就夠了，不要把整個(gè)蛋白都當(dāng)成低層。 |
5樓2014-05-26 11:37:37
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6樓2014-05-27 12:16:38
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7樓2014-05-27 12:29:06
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謝謝，我明白了。 還有一個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教下，我看文獻(xiàn)中有很多用QM/MM算大體系的催化機(jī)理，他們好像說(shuō)的是用Full enzyme，沒(méi)說(shuō)把中心區(qū)域摳出來(lái)。而且他們也算了反應(yīng)物，TS，產(chǎn)物的頻率。他們其實(shí)是只取了一部分蛋白算頻率，而沒(méi)有說(shuō)嗎？ 我要通過(guò)比較反應(yīng)物，TS，產(chǎn)物能量來(lái)算活化能，那這三者的能量也必須用摳出來(lái)的那一部分結(jié)構(gòu)來(lái)算能量？ |
8樓2014-05-27 14:24:30
sobereva
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QMMM在具體實(shí)現(xiàn)上，不同的人、不同程序做法可能很不同。ONIOM算是高斯（也包括Q-Chem）的一種特殊的實(shí)現(xiàn)方式，并不是常規(guī)的QMMM做法。 全酶的振動(dòng)分析高斯做不動(dòng)，但不代表其它程序做不動(dòng)（比如專(zhuān)門(mén)做生物體系的amber就可以做得不錯(cuò)）。 也可能很多文獻(xiàn)在優(yōu)化的時(shí)候用全酶，僅在做振動(dòng)分析獲得熱力學(xué)校正能時(shí)只考慮QM區(qū)域（雖然沒(méi)明確說(shuō)出來(lái)），這樣處理完全是合理的。 |
9樓2014-05-27 14:38:16
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