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jaxb銀蟲 (正式寫手)
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利用基于半導(dǎo)體的第二代測序技術(shù)高通量的發(fā)掘兔基因組SNP
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利用基于半導(dǎo)體的第二代測序技術(shù)高通量的發(fā)掘兔基因組SNP 意大利博洛尼亞大學(xué)F. Bertolini……L. Fontanesi* 雖然兔基因組測序和組裝（oryCun2.0）已經(jīng)完成，而且也有一些關(guān)于兔微衛(wèi)星、SNP和CNV的研究，但是兔基因組大規(guī)模多態(tài)性發(fā)掘還沒有報道。因此本研究利用離子流個人基因組測序儀（PGM）測序了HaeIII and RsaI兩個限制性酶的簡化代表庫（RRLs），識別了10只家兔（1只法國香檳兔，3只巨型格仔兔，1只勃艮第兔，2只維蘭特兔和3只商業(yè)肉兔）基因組的SNPs。經(jīng)過ION TORRENT suite v.2.2軟件的過濾，兩個庫分別獲得了2,917,879和4,046,871個reads，平均長度分別為96bp和103bp，總共長度分別為280.51Mb（248.49Mb的質(zhì)量>20）和417.28Mb（360.89Mb的質(zhì)量>20）。其中分別有2,627,434（90%）和3,685,226（91%）個reads比對到了兔基因組，占兔基因組的7.01%和9.06%（合并后為15.82%）。序列數(shù)據(jù)已經(jīng)上傳到歐洲核苷酸數(shù)據(jù)庫（EMBL），序列號為ERP002438。實驗要求至少有4個reads以上覆蓋的SNP為高可信度SNP，因此只能在31,389,157bp和58,542,265bp兔基因組長度上尋找，其SNP的覆蓋率分別是5.38和6.68。兩個庫的數(shù)據(jù)合并覆蓋了兔基因組上107,922,811bp長度（<4reads的也算），深度為5.7X。本研究對SNP進(jìn)行過濾，總共推斷出62,491個SNPs，平均每1727bp一個SNP（62,491/107,922,811）。其中8號染色體和2號染色體SNP最多，分別為6,289和4,928個。SNP的密度最高的也是18號染色體，為11.1kb每SNP，最低在14號染色體，為50.8kb。研究又用桑格測序進(jìn)行了驗證，檢測到了22個SNPs（OCU7上9個，OCU18上12個，OCU19上1個），其中16個SNPs在庫中，包括一個reads小于4X的。也就是6/22的假陰性率和0/22的假陽性率。也就是說68%的高可信度SNPs（15個）檢出率和100%假陽性率。大部分的SNPs都存在于基因間（67.3%）和內(nèi)含子區(qū)域（32.5%）。位于編碼區(qū)域的SNPs中有538個是同義突變，有479個是錯義突變，有16個是無義突變。本研究結(jié)果為以后該物種的應(yīng)用和基礎(chǔ)研究提供了非常有用的信息。 交流與問題： 1，為什么選擇reads的覆蓋率為4X？從文中可以看到假陰性的原因主要就是SNP對reads的限制太嚴(yán)格。作為僅是對SNP的發(fā)掘，應(yīng)該是可以有適當(dāng)?shù)募訇栃�，盡量減少假陰性。 2，桑格測序進(jìn)行驗證的時候，區(qū)域是如何選取的？可以這樣理解嗎，兩個庫中在這些區(qū)域上高可信度的SNPs為15個，且全部被桑格測序所發(fā)現(xiàn)，還有桑格測序發(fā)現(xiàn)的6個沒有存在于庫中？ 3，三種突變合起來的SNP是1033個，占所有發(fā)現(xiàn)的1.65%。這與前面基因間和內(nèi)含子區(qū)域的SNPs占99.8%有點不符合，是什么原因？ 4，總得SNP密度為1727bp一個SNP，怎么密度最高的8號染色體密度反而是11.1kb一個SNP呢？是不是小數(shù)點打錯了�。� 5，基因間區(qū)域和內(nèi)含子區(qū)域怎么區(qū)別？基因間區(qū)域（ intergenic）就是不編碼區(qū)域吧，不屬于內(nèi)含子區(qū)域？還是說內(nèi)含子只是指基因內(nèi)外顯子之間的區(qū)域？ 來源：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24444082-Bertolini F, Schiavo G, Scotti E, Ribani A, Martelli PL, Casadio R, Fontanesi L. High-throughput SNP discovery in the rabbit (Oryctolagus cuniculus) genome by next-generation semiconductor-based sequencing. Anim Genet, 2014, 45(2):304-7. |
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