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cyg801116

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[求助] 關(guān)于晶體結(jié)構(gòu)解析中的A、B類錯(cuò)誤的解決辦法已有2人參與

各位蟲(chóng)友，本人晶體結(jié)構(gòu)解析菜鳥(niǎo)一個(gè)，希望各位大俠給分析一下這些A、B類錯(cuò)誤是什么意思，怎么解決，謝謝：

Alert level A
PLAT213_ALERT_2_A Atom F4             has ADP max/min Ratio .....       7.4 prolat
PLAT733_ALERT_1_A Torsion Calc -45.00(1), Rep    -45.00 ......    9.90 su-Rat
            F3  -NB3 -F4  -CS4 1.555 1.555 1.555 1.655    8
--------------------------------------------------------------------------------Alert level B
DIFMN02_ALERT_2_B  The minimum difference density is < -0.1*ZMAX*1.00
         _refine_diff_density_min given =    -5.796
         Test value =    -5.500
         Crystal system given = tetragonal
PLAT098_ALERT_2_B Large Reported Min.  (Negative) Residual Density    -5.80 eA-3
PLAT111_ALERT_2_B ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry .....       100 %Fit
PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent  O    Ueq(max)/Ueq(min) Range       8.8 Ratio
PLAT250_ALERT_2_B Large U3/U1 Ratio for Average U(i,j) Tensor ....       4.5 Note

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1樓 2014-05-23 17:32:50

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jackdeng

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【答案】應(yīng)助回帖

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cyg801116: 金幣+5 2014-05-24 10:08:57

空間群選低了，應(yīng)該先用platon將空間群升上去，另外，結(jié)構(gòu)總存在著大的殘余q峰，可能是有溶劑分子沒(méi)指認(rèn)，某些原子的橢球取向有問(wèn)題。

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3樓2014-05-24 09:52:55

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forever1706

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

先提空間群，有些問(wèn)題可能就消失了，有些原子如果指認(rèn)正確的話可能要做無(wú)序。

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2樓2014-05-23 18:14:51

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引用回帖:

3樓: Originally posted by jackdeng at 2014-05-24 09:52:55
空間群選低了，應(yīng)該先用platon將空間群升上去，另外，結(jié)構(gòu)總存在著大的殘余q峰，可能是有溶劑分子沒(méi)指認(rèn)，某些原子的橢球取向有問(wèn)題。

就是根據(jù)platon的要求將空間群提上去了，還出來(lái)這么多錯(cuò)誤，現(xiàn)在再用platon檢查，給的就是這個(gè)空間群；這個(gè)化合物是高溫固相做出來(lái)的，應(yīng)該沒(méi)有溶劑分子；是有幾個(gè)原子的橢球有問(wèn)題，溫度因子偏高或者偏低；另外弱弱的問(wèn)一句，p-4空間群和p-4m2那個(gè)高，怎么判斷？，謝謝

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4樓2014-05-24 10:17:54

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引用回帖:

4樓: Originally posted by cyg801116 at 2014-05-24 10:17:54
就是根據(jù)platon的要求將空間群提上去了，還出來(lái)這么多錯(cuò)誤，現(xiàn)在再用platon檢查，給的就是這個(gè)空間群；這個(gè)化合物是高溫固相做出來(lái)的，應(yīng)該沒(méi)有溶劑分子；是有幾個(gè)原子的橢球有問(wèn)題，溫度因子偏高或者偏低；另外弱 ...

兩個(gè)都是非心空間群，但是后者有著更多的對(duì)稱元素，所以對(duì)稱性上來(lái)說(shuō)相對(duì)高一些，通常結(jié)構(gòu)解析選擇空間群的時(shí)候都是秉著就高不就低的原則，但事實(shí)上有的時(shí)候地空間群是正確的，而高空間群解析的時(shí)候往往會(huì)出現(xiàn)一些這樣或那樣的問(wèn)題，這是就要考慮降低空間群，造成這一現(xiàn)象的主要原因就是某些贗對(duì)稱性的存在導(dǎo)致的。

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5樓2014-05-24 11:29:13

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