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黑森林金蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何根據(jù)基因中的保守結(jié)構(gòu)域在基因組中找同源基因
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一類蛋白家族，含有一個(gè)保守的S結(jié)構(gòu)域，怎樣才能根據(jù)這個(gè)S結(jié)構(gòu)域，在A菌中找到也含有這個(gè)結(jié)構(gòu)域的蛋白，能知道有多少個(gè)這樣的蛋白嗎？ A菌的基因組測(cè)完，還沒有注釋。目前只有測(cè)序完的原始序列。 剛接觸這塊內(nèi)容，不知道講清楚了沒，還請(qǐng)大家賜教，謝謝！ |
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nanhu1984
銀蟲 (正式寫手)
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不管怎么，首先，你的得對(duì)你的基因組序列進(jìn)行注釋：如果是剛?cè)腴T，可以選擇NCBI的原核生物注釋通道（也就是標(biāo)準(zhǔn)的基因組提交過程，只要你設(shè)置足夠長(zhǎng)的時(shí)間來公布你的基因組即可）或者選擇RAST注釋系統(tǒng)。 不知道你的S結(jié)構(gòu)域有多長(zhǎng)？ 如果你的S結(jié)構(gòu)域序列比較長(zhǎng)的話，可以直接用這段保守的結(jié)構(gòu)域來比對(duì)你的每個(gè)蛋白質(zhì)序列。 -------------------------------------------------------------------------------------------- 或者你可以利用MEME在線工具，首先分析獲得你的S結(jié)構(gòu)域得保守基序，然后利用這個(gè)保守的S結(jié)構(gòu)域基序檢索你的全基因組序列 |
3樓2014-05-27 20:51:49
123qsz321
木蟲 (正式寫手)
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2樓2014-05-27 20:30:59
黑森林
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4樓2014-06-06 16:52:56
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