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yucheng9255木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助/交流】新手請(qǐng)教如何對(duì)不同物種中某一酶的氨基酸序列進(jìn)行比對(duì)再設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物啊? 已有9人參與
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我想克隆一個(gè)酶的基因，在其它物種中有�；舅悸肥�，先分析找到在不同物種中的氨基酸保守序列，再根據(jù)其設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，擴(kuò)增出基因的保守序列，再通過(guò)3'、5'RACE擴(kuò)增出全長(zhǎng)。好象也就是所謂的同源克隆吧。但是如何對(duì)該酶在不同物種中進(jìn)行氨基酸比對(duì)，從而篩選出在不同物種中具有高度保守的序列呢？我在用clustalx進(jìn)行多序列比對(duì),尋找保守序列時(shí)，怎么通過(guò)比對(duì)確定哪些是我需要的保守序列？有沒有軟件直接幫我查找出保守序列？ 如果有多個(gè)保守區(qū)域,我又如何確定選擇哪個(gè)保守序列進(jìn)行設(shè)計(jì)引物？？？ 我剛接觸分子，不怎么懂。問(wèn)實(shí)驗(yàn)室的師兄師姐們，不知道是覺得太簡(jiǎn)單呢，還是也不懂，反正也說(shuō)不出個(gè)所以然。 在此請(qǐng)教各位高手了！請(qǐng)不要見笑啊！ 再次感謝！ |
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6樓2010-05-25 10:07:17
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
lstt09nk(金幣+2):歡迎多多交流~~ 2010-05-25 15:12:08
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lstt09nk(金幣+2):歡迎多多交流~~ 2010-05-25 15:12:08
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先用隨便什么軟件進(jìn)行保守序列的對(duì)比，我個(gè)人比較偏愛DNAstart和BioEdit。找到保守序列的位置后用引物設(shè)計(jì)的軟件輸入保守序列區(qū)域的位置來(lái)設(shè)計(jì)引物，引物設(shè)計(jì)軟件都可以做到你要求是從第幾個(gè)堿基到第幾個(gè)堿基來(lái)設(shè)計(jì)引物的。這個(gè)不難。 再涉及到兼并引物，你這個(gè)首先要設(shè)計(jì)正常的引物，在正常的引物無(wú)法擴(kuò)增出來(lái)的時(shí)候，或者你要求的位置引物設(shè)計(jì)軟件沒辦法設(shè)計(jì)出令你滿意的引物的時(shí)候才選擇設(shè)計(jì)兼并引物。兼并引物并不是萬(wàn)能的，也是有缺憾的。 |
7樓2010-05-25 12:34:02
潘meiqiao
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10樓2018-06-15 09:48:26
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