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yucheng9255木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助/交流】新手請教如何對不同物種中某一酶的氨基酸序列進行比對再設計簡并引物啊? 已有9人參與
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我想克隆一個酶的基因，在其它物種中有。基本思路是，先分析找到在不同物種中的氨基酸保守序列，再根據(jù)其設計簡并引物，擴增出基因的保守序列，再通過3'、5'RACE擴增出全長。好象也就是所謂的同源克隆吧。但是如何對該酶在不同物種中進行氨基酸比對，從而篩選出在不同物種中具有高度保守的序列呢？我在用clustalx進行多序列比對,尋找保守序列時，怎么通過比對確定哪些是我需要的保守序列？有沒有軟件直接幫我查找出保守序列？ 如果有多個保守區(qū)域,我又如何確定選擇哪個保守序列進行設計引物？？？ 我剛接觸分子，不怎么懂。問實驗室的師兄師姐們，不知道是覺得太簡單呢，還是也不懂，反正也說不出個所以然。 在此請教各位高手了！請不要見笑��！ 再次感謝！ |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
lstt09nk(金幣+2):歡迎多多交流~~ 2010-05-25 15:12:08
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先用隨便什么軟件進行保守序列的對比，我個人比較偏愛DNAstart和BioEdit。找到保守序列的位置后用引物設計的軟件輸入保守序列區(qū)域的位置來設計引物，引物設計軟件都可以做到你要求是從第幾個堿基到第幾個堿基來設計引物的。這個不難。 再涉及到兼并引物，你這個首先要設計正常的引物，在正常的引物無法擴增出來的時候，或者你要求的位置引物設計軟件沒辦法設計出令你滿意的引物的時候才選擇設計兼并引物。兼并引物并不是萬能的，也是有缺憾的。 |
7樓2010-05-25 12:34:02
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