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cenwanglai榮譽版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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[求助]
經(jīng)典分子動力學(xué)軟件DL_POLY結(jié)構(gòu)優(yōu)化優(yōu)化的是什么?
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做好結(jié)構(gòu)后,先做結(jié)構(gòu)優(yōu)化,CONTROL中寫optim forces 0.2 很快就收斂了(timestep = 3~10). 現(xiàn)在問題是:FIELD中規(guī)定了分子內(nèi)的鍵長,比如規(guī)定CO分子鍵長為1.2埃,初始結(jié)構(gòu)CONFIG中設(shè)置C-O鍵長為1.5埃。做包含1000個CO分子的結(jié)構(gòu),在常溫常壓下結(jié)構(gòu)優(yōu)化。第二步就會把C-O鍵長優(yōu)化到1.2埃? 結(jié)構(gòu)優(yōu)化應(yīng)該是優(yōu)化分子鍵的相互作用距離?或者對于大分子,優(yōu)化分子的卷曲結(jié)構(gòu),而不是成鍵原子之間的鍵長? |
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