 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 676 | 回復(fù): 3 | ||
小兵ai石頭銅蟲 (初入文壇)
|
[求助]
在Linux上運(yùn)行NAMD總是意外中斷且不報(bào)錯(cuò)
|
|
我是分子模擬初學(xué)者。 在Linux上運(yùn)行NAMD，總是會(huì)意外中斷，查看.log文件也沒(méi)發(fā)現(xiàn)報(bào)錯(cuò)，溫度也正常；用VMD查看體系也沒(méi)有爆開。 我用restart文件接著跑，過(guò)幾個(gè)小時(shí)后又會(huì)斷了，還是不報(bào)錯(cuò)。  另外，我跑的多個(gè)NAMD程序經(jīng)常都在同一時(shí)間斷開。由于是后臺(tái)運(yùn)行，所以應(yīng)該可以排除斷網(wǎng)的原因。 有沒(méi)有蟲友知道可能是什么原因?qū)е碌陌�？可能是配置文件的�?wèn)題嗎（多個(gè)NAMD程序的配置文件相似）？ 希望知道的蟲友幫幫我吧！！ 在這里把配置文件貼上： ################################################## # MD SECTION ################################################## numsteps 5000000 set temperature 298 # INPUT FILES structure ../../2-common/bcdsfla_wb.psf coordinates ../../2-common/bcdsfla_wb.pdb firsttimestep 0 set inputname emeq_s binCoordinates ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.coor binVelocities ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.xsc set outputname abf_00 #temperature $temperature # FORCE FIELD parameters ../../2-common/fla_parm.inp parameters ../../2-common/aglc_parm.inp paraTypeCharmm on # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 switching on switchdist 12.0 cutoff 14.0 pairlistdist 15.0 hgroupcutoff 2.8 # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 35.0 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 35.0 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 50.0 cellOrigin 0.132 -0.145 -2.452 wrapAll on margin 3 # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # Constant Temperature Control langevin on langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 ;# fs! langevinPistonDecay 50.0 ;# fs! langevinPistonTemp $temperature # Integrator Parameters timestep 2.0 nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 splitpatch hydrogen # how to assign atoms to patches #Constraints and Restraints rigidBonds all ;# needed for 2fs steps rigidtolerance 0.000001 rigiditerations 400 rigiddieonerror on fixedAtoms on fixedAtomsFile ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/fixedatoms_s.pdb fixedAtomsForces off fixedAtomsCol B constraints on consexp 2 consref ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb conskfile ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb conskcol B selectConstraints on ;# restrain the positions of atoms to plane or a line in space selectConstrX on selectConstrY on selectConstrZ off # OUTPUT FILES #！ outputname abf_00_0 restartname abf_00 dcdFile abf_00.dcd binaryoutput no binaryrestart yes outputenergies 500 outputtiming 500 outputpressure 500 restartfreq 500 XSTFreq 500 dcdFreq 500 ################################################## # ABF SECTION ################################################## colvars on colvarsConfig distance.in |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
哈爾濱理工大學(xué)物理系招收物理學(xué)考研調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
0702一志愿吉大B區(qū)求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
物理學(xué)I論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有69人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
0702一志愿吉大B區(qū)求調(diào)劑有論文
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
請(qǐng)問(wèn)還有沒(méi)有用Latex寫文章的小伙伴們？
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
光學(xué)工程學(xué)碩調(diào)劑信息
已經(jīng)有31人回復(fù)
-
歡迎加入課題組
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
散金幣，求好運(yùn)，祝面上順利！
已經(jīng)有68人回復(fù)
-
華東師范大學(xué)芯片設(shè)計(jì)徐瓏真實(shí)水平咋樣
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
小兵ai石頭
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 148.7
- 散金: 10
- 帖子: 47
- 在線: 41.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 2299056
- 注冊(cè): 2013-02-25
- 專業(yè): 色譜分析
2樓2014-06-04 10:38:39
小兵ai石頭
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 148.7
- 散金: 10
- 帖子: 47
- 在線: 41.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 2299056
- 注冊(cè): 2013-02-25
- 專業(yè): 色譜分析
3樓2014-10-28 11:39:18
scutxl
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 338.4
- 帖子: 17
- 在線: 12.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 3634022
- 注冊(cè): 2015-01-08
- 專業(yè): 原子和分子物理
4樓2016-04-10 16:01:36
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 小兵ai石頭 的主題更新
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 279分求調(diào)劑 一志愿211 +13 | chaojifeixia 2026-03-19 | 14/700 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料學(xué)學(xué)碩080502 337求調(diào)劑-一志愿華中科技大學(xué) +4 | 順順順mr 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 313求調(diào)劑 +3 | 肆叁貳壹22 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +10 | 冷笙123 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 華東師范大學(xué)-071000生物學(xué)-293分-求調(diào)劑 +3 | 研究生何瑤明 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +6 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
 271材料工程求調(diào)劑
+8
|
.6lL 2026-03-18 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +4 | shxchem 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料專業(yè)求調(diào)劑 +6 | hanamiko 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | www_q 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] A區(qū)線材料學(xué)調(diào)劑 +5 | 周周無(wú)極 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +11 | Ymlll 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | eation27 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +7 | 困于星晨 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +6 | lemonzzn 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 26研0 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑 +3 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投 +7 | 膩膩gk 2026-03-14 | 7/350 |
|