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小兵ai石頭銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
在Linux上運(yùn)行NAMD總是意外中斷且不報(bào)錯(cuò)
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我是分子模擬初學(xué)者。 在Linux上運(yùn)行NAMD，總是會(huì)意外中斷，查看.log文件也沒(méi)發(fā)現(xiàn)報(bào)錯(cuò)，溫度也正常；用VMD查看體系也沒(méi)有爆開(kāi)。 我用restart文件接著跑，過(guò)幾個(gè)小時(shí)后又會(huì)斷了，還是不報(bào)錯(cuò)。  另外，我跑的多個(gè)NAMD程序經(jīng)常都在同一時(shí)間斷開(kāi)。由于是后臺(tái)運(yùn)行，所以應(yīng)該可以排除斷網(wǎng)的原因。 有沒(méi)有蟲(chóng)友知道可能是什么原因?qū)е碌陌�？可能是配置文件的�?wèn)題嗎（多個(gè)NAMD程序的配置文件相似）？ 希望知道的蟲(chóng)友幫幫我吧��！ 在這里把配置文件貼上： ################################################## # MD SECTION ################################################## numsteps 5000000 set temperature 298 # INPUT FILES structure ../../2-common/bcdsfla_wb.psf coordinates ../../2-common/bcdsfla_wb.pdb firsttimestep 0 set inputname emeq_s binCoordinates ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.coor binVelocities ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.xsc set outputname abf_00 #temperature $temperature # FORCE FIELD parameters ../../2-common/fla_parm.inp parameters ../../2-common/aglc_parm.inp paraTypeCharmm on # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 switching on switchdist 12.0 cutoff 14.0 pairlistdist 15.0 hgroupcutoff 2.8 # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 35.0 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 35.0 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 50.0 cellOrigin 0.132 -0.145 -2.452 wrapAll on margin 3 # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # Constant Temperature Control langevin on langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 ;# fs! langevinPistonDecay 50.0 ;# fs! langevinPistonTemp $temperature # Integrator Parameters timestep 2.0 nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 splitpatch hydrogen # how to assign atoms to patches #Constraints and Restraints rigidBonds all ;# needed for 2fs steps rigidtolerance 0.000001 rigiditerations 400 rigiddieonerror on fixedAtoms on fixedAtomsFile ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/fixedatoms_s.pdb fixedAtomsForces off fixedAtomsCol B constraints on consexp 2 consref ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb conskfile ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb conskcol B selectConstraints on ;# restrain the positions of atoms to plane or a line in space selectConstrX on selectConstrY on selectConstrZ off # OUTPUT FILES #！ outputname abf_00_0 restartname abf_00 dcdFile abf_00.dcd binaryoutput no binaryrestart yes outputenergies 500 outputtiming 500 outputpressure 500 restartfreq 500 XSTFreq 500 dcdFreq 500 ################################################## # ABF SECTION ################################################## colvars on colvarsConfig distance.in |
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2樓2014-06-04 10:38:39
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3樓2014-10-28 11:39:18
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4樓2016-04-10 16:01:36
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