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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » 熱點前沿問題討論 » 過渡態(tài)搜素
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dongabcde銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
過渡態(tài)搜素 已有1人參與
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大家好，我現(xiàn)在計算的有機物小分子在純金屬表面的反應機理，我首先用castep來求出反應物和生成物的最穩(wěn)定的金屬表面的吸附構(gòu)型，然后再用的是DMOL3來搜索過渡態(tài)， 1. 在TS Search中得到的xsd打開卻是如附件圖中所示的情況，那些原子怎么會跑到晶格的外面了呢？神魔原因呢， 2. 還有就是我在reaction preview 中反應物和產(chǎn)物配對完之后將幀數(shù)提高到了100，而那個superimpose structure點不動，是灰色的，請問各位這個還需不需要點了，如果不點的話會有什么影響嗎？ 3. 第三個問題就是我自己根據(jù)文獻猜測的反應路徑如何判斷可以行的通或者行不通？那些中間物質(zhì)的吸附構(gòu)構(gòu)型該如何確定呢？ 由于本人初用Dmol模塊，出現(xiàn)許多的疑惑和問題，期待大神的幫助，謝謝啊 |
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2014-06-05 08:30:28, 134 K
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4樓2014-06-05 10:21:01
dongabcde
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2樓2014-06-05 09:09:18
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【答案】應助回帖
★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
dongabcde: 金幣+2, ★★★很有幫助 2014-06-05 10:20:59
感謝參與，應助指數(shù) +1
dongabcde: 金幣+2, ★★★很有幫助 2014-06-05 10:20:59
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1：你是否考慮了表面的弛豫問題，你是所有原子都沒固定嗎？另外好像有個參數(shù)，叫分子晶胞還是什么是否勾選？ 2：這個不知道了，你可以試下 3：根據(jù)文獻先確定幾條可能反應路徑，在通過計算得到反應熱和反應能壘，再結(jié)合具體實驗數(shù)據(jù)確定最優(yōu)可能路徑；中間體的最佳吸附模型，首先要去查文獻看有多少種可能吸附模型，再構(gòu)建模型進行優(yōu)化，一般取能量最低的確定為最佳吸附模型。 我已經(jīng)好久沒用這軟件，上面純屬參考，慎重采納。  |
3樓2014-06-05 09:18:26
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5樓2014-06-05 13:41:15
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