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dongabcde銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
過渡態(tài)搜素 已有1人參與
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大家好，我現(xiàn)在計算的有機物小分子在純金屬表面的反應(yīng)機理，我首先用castep來求出反應(yīng)物和生成物的最穩(wěn)定的金屬表面的吸附構(gòu)型，然后再用的是DMOL3來搜索過渡態(tài)， 1. 在TS Search中得到的xsd打開卻是如附件圖中所示的情況，那些原子怎么會跑到晶格的外面了呢？神魔原因呢， 2. 還有就是我在reaction preview 中反應(yīng)物和產(chǎn)物配對完之后將幀數(shù)提高到了100，而那個superimpose structure點不動，是灰色的，請問各位這個還需不需要點了，如果不點的話會有什么影響嗎？ 3. 第三個問題就是我自己根據(jù)文獻(xiàn)猜測的反應(yīng)路徑如何判斷可以行的通或者行不通？那些中間物質(zhì)的吸附構(gòu)構(gòu)型該如何確定呢？ 由于本人初用Dmol模塊，出現(xiàn)許多的疑惑和問題，期待大神的幫助，謝謝啊 |
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2014-06-05 08:30:28, 134 K
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1、如果你沒 opt cell的話有可能只是個顯示的問題，不行試試in-cell的顯示方式。不過你的結(jié)構(gòu)本身不合理，表面太小，真空層太低。另外，我建議你要么全用dmol3做，要么全用castep做，castep的結(jié)果對于dmol3計算并不一定是穩(wěn)定的，這樣搜索過渡態(tài)也就不是可靠的。 2、請注意reaction preview部分的help文檔：The Superimpose structures option is enabled only if nonperiodic 3D model documents are selected.表面體系是周期性的（PBC），不能使用。不用的話沒啥影響。 3、上面的說得對，如果你不能通過實驗特征確定中間體是什么，只好每個都做猜測，并且構(gòu)造不同的可能的反應(yīng)路徑，工作量確實很大，這是沒辦法的事情。 |
8樓2014-06-05 16:34:07
dongabcde
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2樓2014-06-05 09:09:18
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【答案】應(yīng)助回帖
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dongabcde: 金幣+2, ★★★很有幫助 2014-06-05 10:20:59
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1：你是否考慮了表面的弛豫問題，你是所有原子都沒固定嗎？另外好像有個參數(shù)，叫分子晶胞還是什么是否勾選？ 2：這個不知道了，你可以試下 3：根據(jù)文獻(xiàn)先確定幾條可能反應(yīng)路徑，在通過計算得到反應(yīng)熱和反應(yīng)能壘，再結(jié)合具體實驗數(shù)據(jù)確定最優(yōu)可能路徑；中間體的最佳吸附模型，首先要去查文獻(xiàn)看有多少種可能吸附模型，再構(gòu)建模型進(jìn)行優(yōu)化，一般取能量最低的確定為最佳吸附模型。 我已經(jīng)好久沒用這軟件，上面純屬參考，慎重采納。  |
3樓2014-06-05 09:18:26
dongabcde
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4樓2014-06-05 10:21:01
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6樓2014-06-05 15:26:22
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7樓2014-06-05 15:48:20
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謝謝你的指導(dǎo)，我改變了一下顯示方式用in cell方式顯示之后的圖形變成了附件上的圖，應(yīng)該是沒有變少吧，這個我不太會看，還請你指導(dǎo)，我在表面和真空層變大一些。 |
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