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dongabcde銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
過(guò)渡態(tài)搜素 已有1人參與
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大家好,我現(xiàn)在計(jì)算的有機(jī)物小分子在純金屬表面的反應(yīng)機(jī)理,我首先用castep來(lái)求出反應(yīng)物和生成物的最穩(wěn)定的金屬表面的吸附構(gòu)型,然后再用的是DMOL3來(lái)搜索過(guò)渡態(tài), 1. 在TS Search中得到的xsd打開(kāi)卻是如附件圖中所示的情況,那些原子怎么會(huì)跑到晶格的外面了呢?神魔原因呢, 2. 還有就是我在reaction preview 中反應(yīng)物和產(chǎn)物配對(duì)完之后將幀數(shù)提高到了100,而那個(gè)superimpose structure點(diǎn)不動(dòng),是灰色的,請(qǐng)問(wèn)各位這個(gè)還需不需要點(diǎn)了,如果不點(diǎn)的話會(huì)有什么影響嗎? 3. 第三個(gè)問(wèn)題就是我自己根據(jù)文獻(xiàn)猜測(cè)的反應(yīng)路徑如何判斷可以行的通或者行不通?那些中間物質(zhì)的吸附構(gòu)構(gòu)型該如何確定呢? 由于本人初用Dmol模塊,出現(xiàn)許多的疑惑和問(wèn)題,期待大神的幫助,謝謝啊 |
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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謝謝你的指導(dǎo),我改變了一下顯示方式用in cell方式顯示之后的圖形變成了附件上的圖,應(yīng)該是沒(méi)有變少吧,這個(gè)我不太會(huì)看,還請(qǐng)你指導(dǎo),我在表面和真空層變大一些。 |
銀蟲(chóng) (小有名氣)
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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1:你是否考慮了表面的弛豫問(wèn)題,你是所有原子都沒(méi)固定嗎?另外好像有個(gè)參數(shù),叫分子晶胞還是什么是否勾選? 2:這個(gè)不知道了,你可以試下 3:根據(jù)文獻(xiàn)先確定幾條可能反應(yīng)路徑,在通過(guò)計(jì)算得到反應(yīng)熱和反應(yīng)能壘,再結(jié)合具體實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)確定最優(yōu)可能路徑;中間體的最佳吸附模型,首先要去查文獻(xiàn)看有多少種可能吸附模型,再構(gòu)建模型進(jìn)行優(yōu)化,一般取能量最低的確定為最佳吸附模型。 我已經(jīng)好久沒(méi)用這軟件,上面純屬參考,慎重采納。 |

銀蟲(chóng) (小有名氣)
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