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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » 熱點前沿問題討論 » 過渡態(tài)搜素
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dongabcde銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
過渡態(tài)搜素 已有1人參與
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大家好，我現(xiàn)在計算的有機物小分子在純金屬表面的反應機理，我首先用castep來求出反應物和生成物的最穩(wěn)定的金屬表面的吸附構型，然后再用的是DMOL3來搜索過渡態(tài)， 1. 在TS Search中得到的xsd打開卻是如附件圖中所示的情況，那些原子怎么會跑到晶格的外面了呢？神魔原因呢， 2. 還有就是我在reaction preview 中反應物和產物配對完之后將幀數提高到了100，而那個superimpose structure點不動，是灰色的，請問各位這個還需不需要點了，如果不點的話會有什么影響嗎？ 3. 第三個問題就是我自己根據文獻猜測的反應路徑如何判斷可以行的通或者行不通？那些中間物質的吸附構構型該如何確定呢？ 由于本人初用Dmol模塊，出現(xiàn)許多的疑惑和問題，期待大神的幫助，謝謝啊 |
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2014-06-05 08:30:28, 134 K
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