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margaretli銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何將像TXT那樣的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息變成可識(shí)別的PDB結(jié)構(gòu)，求大神指點(diǎn)。。。拜托拜托 已有2人參與
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REMARK Written by O version 9.0.7 CRYSTI 41.792 40.008 52.071 90.00 105.83 90.00 ORIGXl 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SCALEl 0.023928 -0.000001 0.006784 0.00000 SCALE2 0.000000 0.024995 -0.000001 0.00000 SCALES 0.000000 0.000000 0.019961 0.00000 ATOM 1 N ALA A 1 15.756 6.560 -10.373 1.00 30.78 ATOM 2 CA ALA A 1 16.093 6.323 -8.944 1.00 29.95 ATOM 3 CB ALA A 1 15.708 7.535 -8.107 1.00 30.54 ATOM 4 C ALA A 1 15.397 5.066 -8.426 1.00 29.34 ATOM 5 O ALA A 1 14.165 4.991 -8.415 1.00 29.88 ATOM 6 N ALA A 2 16.190 4.079 -8.013 1.00 28.31 ATOM 7 CA ALA A 2 15.653 2.839 -7.447 1.00 26.70 ATOM 8 CB ALA A 2 16.739 1.776 -7.330 1.00 27.15 ATOM 9 C ALA A 2 15.066 3.147 -6.080 1.00 25.29 ATOM 10 O ALA A 2 15.671 3.887 -5.294 1.00 25.34 ATOM 11 N ALA A 3 13.888 2.584 -5.813 1.00 23.09 ATOM 12 CA ALA A 3 13.185 2.797 -4.545 1.00 21.06 這種形式提供的蛋白質(zhì)信息，我保存到TXT后把后綴名改成PDB。但是軟件打開后什么也沒顯示。是我里面的格式不對(duì)嗎？？應(yīng)該是什么樣格式的。。求指導(dǎo)》》》求變成PDB可識(shí)別格式。求方法。。。 |
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2014-06-08 21:27:20, 90.15 K
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2樓2014-06-08 21:52:14
keke_1210
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PDB文件的格式這里有個(gè)鏈接，你可以看下： http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html |
3樓2014-06-09 10:53:03
margaretli
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5樓2014-06-09 12:02:46
margaretli
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我按照網(wǎng)上的格式重新修改了，用DS打開可以看見非常小小的一段蛋白，其他還是全部是原子。。還有哪里不對(duì)呢。。求助 |
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2014-06-13 11:59:52, 110.18 K
6樓2014-06-13 12:00:05
【答案】應(yīng)助回帖
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margaretli(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-17 15:54:30
margaretli(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-17 15:54:30
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我猜你是直接在txt文件里修改的吧？ 你仔細(xì)看看你的文件和PDB文件格式對(duì)應(yīng)上了嗎？ |
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2014-06-14 21:35:39, 22.91 K
7樓2014-06-14 21:35:56
margaretli
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我對(duì)照http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html 網(wǎng)上的格式改過了。。有顯示一小段蛋白質(zhì)，，但是很多還是單個(gè)原子。。 |
8樓2014-06-15 20:59:37
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