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國(guó)產(chǎn)分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算軟件BeeMD正式上線，歡迎下載測(cè)試 已有32人參與
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如題，歷經(jīng)十多年開發(fā)，包含計(jì)算、分析和可視化全套。 計(jì)算速度和主流MD軟件一樣，自動(dòng)多線程（OpenMP），MPI并行，CUDA 完全免費(fèi)，歡迎大家使用。請(qǐng)到 BeeMD.org 查看更多介紹。 我們已經(jīng)成立了自助開發(fā)團(tuán)隊(duì)，誠(chéng)邀各方大拿參加開發(fā)， 急需如下方面合作開發(fā)，有底子的才俊別保留啊， .....SIMD優(yōu)化， .....單精度優(yōu)化， .....CUDA優(yōu)化， .....QM模塊， .....力場(chǎng)開發(fā)。 速度：雙精度版本和GROMACS差不多了，還未做單精度優(yōu)化。 特點(diǎn)：我們注重增強(qiáng)采樣相關(guān)開發(fā)，支持script編程，擴(kuò)展開發(fā)比GROMACS,AMBER,NAMD容易，還有就是國(guó)產(chǎn)，我們能給國(guó)內(nèi)用戶提供面對(duì)面的使用和開發(fā)交流，為用戶實(shí)現(xiàn)特定需求開發(fā)。 附件中是Windows下多線程版本的binaries，其它系統(tǒng)的請(qǐng)到主頁下載， 如需從源碼編譯，請(qǐng)聯(lián)系我們[ Last edited by beeMD on 2014-6-11 at 11:06 ] 這個(gè)MD軟件大概構(gòu)架和功能我們已都開發(fā)好，做基本的MD應(yīng)用計(jì)算應(yīng)該足夠了，希望大家用這個(gè)軟件做些工作，如果有好的應(yīng)用可聯(lián)系我們，我們可幫著作，希望有能力的才俊能來參加開發(fā)，起點(diǎn)赿低赿好，有一定C語言基礎(chǔ)即可，自愿參與，我們不發(fā)工資的，但會(huì)給做些初步的開發(fā)培訓(xùn)，國(guó)外MD軟件也不是一天寫成的，拋磚引玉，希望能有真正創(chuàng)新能力的后來者，這個(gè)事情國(guó)內(nèi)總得有人做，請(qǐng)大家多多支持�。�！ 目前急尋自主QM Module，有知道的學(xué)友請(qǐng)幫忙引薦 [ Last edited by beeMD on 2014-6-12 at 23:49 ] 我雖已不做學(xué)術(shù)，還是給下本人的簡(jiǎn)介，去年年底開始組建Modar開發(fā)團(tuán)隊(duì)，隊(duì)里的其他成員，等我征得他們同意后公布， 2005 中科院生物物理所畢業(yè)， 2005－2011 Florida State University, 2011 回國(guó)創(chuàng)業(yè)， 剛回國(guó)前兩年沒大多時(shí)間打理MD開發(fā)，最新有些時(shí)間出來和大家交流，請(qǐng)大伙多多支持�。�！ 學(xué)術(shù)上幾乎沒有成就，拿的出手的是篇共同一作的PNAS的算法短文，如感興趣，請(qǐng)大伙自行搜索 "Random walk in orthogonal space to achieve efficient free-energy simulation of complex systems" 在些我感謝Dr. Wei Yang對(duì)我放棄學(xué)術(shù)工作的理解 之前開發(fā)過一個(gè)可視化軟件，詳見 noch dot sourceforge dot net 曾經(jīng)也有不少歐美學(xué)者使用，后來出國(guó)工作沒時(shí)間維護(hù)，現(xiàn)在更名為Movar 打包在Modar中，Modar是10多年龜速積累的結(jié)果，希望國(guó)內(nèi)的學(xué)者能多做些開發(fā)工作，有能力就來接管我們的開發(fā)工作。 [ Last edited by beeMD on 2014-6-13 at 12:57 ] |
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2014-06-09 15:41:23, 9.77 M
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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我看了課程內(nèi)容。里面有計(jì)算藥物與蛋白質(zhì)分子結(jié)合自由能的部分。想問問gromacs培訓(xùn)里面有沒有這個(gè)部分？我做計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)，很重視對(duì)結(jié)合自由能的計(jì)算。如果這個(gè)部分的培訓(xùn)比較多，或者整個(gè)培訓(xùn)內(nèi)容都比較偏重于生物分子模擬，那么我就向?qū)熒暾?qǐng)參加這個(gè)培訓(xùn)班。 綜上，培訓(xùn)內(nèi)容可以介紹得更詳細(xì)一些嗎？MODAR是免費(fèi)軟件嗎？ 自帶筆記本電腦，配制一般都挺低。用來跑蛋白質(zhì)和DNA之類的體系，時(shí)間上來不及吧？  |
37樓2014-09-10 17:05:46
iamthinking
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2樓2014-06-09 16:27:14
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4樓2014-06-10 07:53:42
5樓2014-06-10 12:58:00
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